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利用定量微生物组谱计算你的健康
图片来自Nature, doi:10.1038/nature24460。2017年11月18日/生物谷BIOON/---大量的代谢疾病和炎性疾病与肠道微生物组的组成和代谢潜力发生变化相关联。到目前为止，基于测序的肠道菌群研究已从微生物组组成的比例变化角度描述了这些肠道菌群失调（dysbiotic）状态。然而，在一项新的研究中，比利时鲁汶大学的Jeroen Raes教授和他的团队发现，当涉
同济大学刘琦教授课题组在Cell旗下刊物《Trends in Pharmacological Science》发表论文系统探讨肿瘤免疫检查点抑制剂疗效预测的计算生物学问题
肿瘤免疫治疗被认为是近年来癌症治疗手段中最有希望的方法之一。免疫检查点抑制剂（immune-checkpoint blockade）通过解除肿瘤细胞对免疫细胞的抑制通路，激活免疫细胞消灭肿瘤。虽然免疫检查点抑制剂在多类肿瘤治疗中表现出了令人振奋的临床效果，但在实际应用中仍然会出现响应率低，个体化差异大等临床问题。如何基于特定的biomarkers以及计算模型，对于肿瘤患者进行有效的个体化的免疫检查
Nature：计算机辅助设计的迷你蛋白可能成为新类型药物
图片来自：https://www.nics.tennessee.edu/2017年9月29日/生物谷BIOON/--- 科学家已经创造了一种高通量、快速的方法，可以从头开始设计并生成数千种不同的、微型的、稳定的蛋白质，可以结合特定的治疗靶点。 华盛顿大学医学院生物化学教授和他的同事在9月27日《Nature》上发表的文章中报道了他们的发现。防治传染病（ 如流感 ）和开发针对神经毒素的解毒剂是该研究
Nature Methods：中山大学中山眼科中心团队发表三代测序计算方法
9 月 18 日，中山大学中山眼科中心谢志、肖传乐、谢尚潜，以及中山大学数据科学与计算机学院陈颖和克莱姆森大学罗峰等学者，在 Nature Methods 在线发表了三代基因组测序数据计算方法，文章题目为 “MECAT： fast mapping， error correction， de novo assembly tool for single-molecule sequencing read
Nat Biotechnol：科学家开发出能从癌症序列中有效筛选出微卫星突变的新型计算机分析工具
2017年9月14日 讯 /生物谷BIOON/ --日前，一项刊登在国际杂志Nature Biotechnology上的研究报告中，来自MIT博德研究所等机构的研究人员通过研究开发了两种名为MSMuTect和MSMutSig的新型计算机工具，这两种工具或能帮助揭示微卫星(microsatellites)序列突变的频率以及其如何诱发癌症。图片来源：Susanna M. Hamilton微卫星是短的D
利用RNA计算纳米设备开展复杂的细胞逻辑运算
图片来自Wyss Institute at Harvard University2017年8月5日/生物谷BIOON/---在一项新的研究中，来自美国亚利桑那州立大学、哈佛大学、麻省理工学院和布罗德研究所的研究人员证实了活细胞能够经诱导以一种微型机器人或计算机的形式执行计算。相关研究结果发表在2017年8月3日的Nature期刊上，论文标题为“Complex cellular logic comp
International Journal of Molecular Sciences:提出预测蛋白质相互作用的计算方法
蛋白质相互作用研究能够从分子水平上揭示蛋白质的功能，帮助揭示生长发育、新陈代谢、分化和凋亡等细胞活动的规律。在全基因组范围内识别蛋白质相互作用对是解释细胞调控机制的重要一步。随着蛋白质相互作用实验技术的发展，人们能够获得大量的蛋白质相互作用数据，甚至能够在全基因组范围内对蛋白质相互作用进行分析。然而，由于实验技术的限制，很多高通量实验方法测得的蛋白质相互作用数据的错误率都比
利用智能手机计算步数揭示肥胖线索
图片来自CC0 Public Domain。2017年7月13日/生物谷BIOON/---在一项新的研究中，来自美国斯坦福大学的研究人员利用智能手机追踪全球数十万人的活动水平，取得一项有趣的发现：在肥胖很少的国家，人们通常每天行走相类似数量的步数。但是经常行走的人与很少行走的那些人之间存在的较大差距与更高水平的肥胖相一致。相关研究结果于2017年7月10日在线发表在Nature期刊上，论文标题为“
PNAS:基因调控网络建模研究获进展
近日，国际学术期刊《美国科学院院刊》（PNAS）在线发表了由中国科学院数学与系统科学研究院和美国斯坦福大学、清华大学等单位的科研人员合作的基因调控网络建模的研究成果，提出了利用匹配的基因表达和染色质可及性数据刻画顺式调控元件和反式调控元件相互作用的数学模型，将基因调控网络的建模研究从编码基因推进到了非编码区域的调控元件，有望用来注释疾病等表型相关的遗传变异。分子生物学的中心法则指出了从DNA编码基