small RNA-seq - 陈巍学基因（9）
本期课程介绍：
1、small RNA建库测序的方法；
2、small RNA测序数据的生物信息学分析（A、表达量差异分析；B、聚类分析；C、GO分析；D、KEGG Pathway分析）；
3、血清和血浆micro RNA测序的意义、和样本准备
RNA-seq方法和应用- 陈巍学基因（7）
NA-seq是高通量测序中最常见的一种应用。
本期课程介绍其：
1、方法原理；
2、生物信息分析，表达差异、火山图展示、聚类分析、GO、Pathway、可变剪接、融合基因、点突变
单细胞mRNA测序 - 陈巍学基因（11）
单细胞mRNA测序是很有用的科研方法。
本课程介绍其中2种：Clontech公司的SMART-seq方法，和EpiCentre公司的TargetAmp方法。2种方法各有巧妙，即大量扩增了核酸，又尽可能减少核酸扩增过程中的偏差、失真。
孙树汉：肝癌发生发展过程中的长链非编码RNA功能研究
原发性肝细胞癌（以下简称肝癌，Hepatocellular carcinoma，HCC）是我国常见恶性肿瘤之一。进一步探索研究新基因的功能与肝癌发生、发展的关系，对揭示肝癌发生、发展的精确分子机制、设计合理的治疗药物及判断预后， 进一步提高我国肝癌的治疗水平具有重要意义。
近年来，长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA) 在生理及疾病过程中扮演的重要角色逐渐引起人们广泛的关注。lncRNA是一类长度超过200nt的非编码RNA分子。这些RNA并不编码蛋白或者只是编码很短的多肽，起初他们被认为是基因组转录的“噪音”，不具有生物学功能。
然而，越来越多的研究表明lncRNA参与了基因组印记、转录控制、转录后调控、蛋白功能调节等信号转导过程中重要环节。且在肿瘤的发生、发展过程中也发挥了重要作用，为全面认识肿瘤提供了新的视角。 我们对肝癌发生发展过程中lncRNA参与的调控网络及临床意义开展了大量的工作。
发现在肝癌在组织中差异表达的lncRNA可以将癌组织和癌旁组织完整地区分，说明在癌组织中lncRNA有特征性表达谱。克隆并鉴定了在肝癌发生发展过程中有重要功能的lncRNA分子，如lncRNA-LET、lncRNA-HEIH、lncRNA-MVIH，并对这些分子在肝癌组织标本中的表达规律及临床意义，对肝癌细胞生物学功能的影响，在肝癌细胞中的亚细胞器的定位，相互作用分子等方面进行了深入探讨，我们的研究结果表明lncRNA可作为肝癌诊断、治疗、预后判断的新靶点。
主要研究结果连续发表于Cancer cell、Molecular Cell、Hepatology等杂志。
田亚平：新的肿瘤血液生物标志：microRNA
MicroRNA（miRNA）是一类生物体内长度约22个左右核苷酸的小RNA，相关研究显示其广泛存在于多种体液中，且可稳定存在较长时间。miRNA在细胞内具有多种重要的调节作用，一个miRNA可以调节多个靶基因的表达，而几个miRNAs也可同时调节一个基因。
恶性肿瘤的发生发展过程非常复杂，常常涉及多个基因的表达异常，因此miRNA复杂调节网络的紊乱与细胞增殖和凋亡过程的调节失控可能存在一定关联。
为此我们利用芯片和 Solexa 测序技术筛选肿瘤相关miRNA，在血液中发现了一些与原发性肝癌、宫颈癌、肺癌等密切相关的miRNA，经Q-PCR方法临床验证，初步证明其具有一定辅助诊断价值，进一步研究可为恶性肿瘤的生物靶向治疗提供新的线索与靶点。
陈扬超：以微核糖核酸(microRNA)为靶的抗癌药物研发
非编码微RNA（microRNA）可通过调节众多基因的表达来行使致癌或是抑癌功能，调节microRNA表达变化的小分子化合物被视为潜在的抗肿瘤药物。最近，在欧洲以微RNA(microRNA-122)为靶的化合物作为抗丙肝病毒感染药物已经进入临床二期试验，标志着以非编码微RNA为靶的药物研发进入了一个新的时期。
非编码微RNA-34a（miR-34a）是一个肿瘤抑制基因，在包括肝癌在内的众多肿瘤中表达下调或是沉默。因此，miR-34a是一个很有前途的癌症治疗靶标。我们成功构建了一个miR-34a的荧光报告系统，通过该系统，我们从化合物文库中筛选出激活miR-34a表达的小分子化合物3。
化合物3可以特异激活肝癌细胞内miR-34a的表达及降低miR-34a目的基因的表达。 体内外试验证明化合物3具有明显的抗癌活性。比较化合物3与肝癌晚期用药Sorafenib显示化合物3具有更加显著的抗癌活性并且没有毒性。MiR-34a小分子调控剂作为潜在的新抗癌药物前景令人向望。
RiboZero和方向RNA库-陈巍学基因（15）
本节课程主要内容：
1.RiboZero与Poly（T）方法对比的技术优势
2.RiboZero的技术原理
3.建定向的RNA库的方法：
1）掺入U碱基的方法来标识cDNA的第二条链
2）ScriptSeq方法
MicroRNA研究的综合解决方案
对于microRNA的研究，已进行了十多年。基因芯片和新一代测序等高通量技术有力地推动了microRNA的研究。李明辉博士在视频中先介绍了microRNA的背景，概括了microRNA研究的基本问题和研究方法。然后结合上海伯豪的服务内容，详细介绍了microRNA研究的微阵列芯片和新一代测序方法，并辅以上海伯豪的多个具体技术服务案例进行详细说明。视频还对microRNA的验证和功能研究方法进行了阐述。最后，结合实际案例，视频还介绍了如何将microRNA作为生物标志物进行研究。
孙毅：RNA深度测序相关(TBD)
孙毅，博士，同济大学教授。美国加州大学洛杉矶分校终身教授，***“***” 国家***。长期致力与神经系统发育和疾病的表观遗传学及分子机制研究。在神经发育方面主要贡献在于阐明了神经干细胞或祖细胞在往神经元或胶质细胞分化过程中命运决定的分子机制，包括首次发现LIF 激动的JAK-STAT pathway 是星形胶质细胞命运决定的主要通路(co 1st author Science, 1997)，首次阐明决定神经元命运的pro-neural bHLH 因子和JAK-STAT pathway 之间的相互抑制作用(1st author Cell, 2001)。
2001年孙毅教授在美国加州大学(UCLA) 建立实验室后潜心研究DNA 甲基化，组蛋白修饰，及非编码RNA 在神经系统发育，包括细胞命运决定，神经元功能成熟，及其可塑性变化过程中的作用。在神经疾病研究方面，她的实验室是最早开始用人类ES 细胞iPS 细胞做神经系统疾病模型的实验室之一，并取得了突破性成果。
2009年回国后，开始进行大量转化医学研究主要在干细胞治疗脊髓损伤方面开始了一系列原创性的研究。另外在用干细胞建立孤独症模型方面已取得突破性成果。她带领的团队在同济大学原创性地研发了体细胞单细胞全基因组转录本的RNA 深度测序方法并用于研究成体神经干细胞的分子生物学性状，探讨成体干细胞及肿瘤干细胞静息活化过程中的机制，该技术对未来寻找各类疾病包括衰老的分子标记会有划时代的推动。