Nat Genet：科学家开发出能识别驱动侵袭性癌症生长的肿瘤细胞的首个计算机算法
本文研究中，研究人员通过将SPRINTER算法应用于此前产生的61,914个乳腺癌细胞和卵巢癌细胞的数据集，揭示了不同基因组变异的单细胞率的增加，以及高增殖克隆群中与增殖相关的基因扩增的富集现象。
2024-12-26
Nat Biotechnol | 揭开肿瘤亚克隆演化之谜：31种算法在模拟肿瘤中的表现评估
为了更好地理解肿瘤的演化过程，研究人员开发了许多基于高通量测序技术的亚克隆重建算法。这些算法利用肿瘤DNA测序数据中的突变特征来推断肿瘤亚克隆的组成和演化历史。
2024-06-13
Cell | 隐翅虫“生化武器”进化的基因组学与细胞基础
研究人员通过基因组组装、比较基因组学、进化树构建、细胞特异性转录组学等方法对隐翅虫的防御性腺体的分泌特征以及进化特征进行了刻画，并对隐翅虫与蚁类共生体这一高复杂性的分泌特征进行检测。
2024-07-18
Nat Eco Evo | 吴法柏/Bernheim团队揭示从古菌到真核的免疫蛋白进化
Viperin（干扰素诱导内质网关联病毒抑制蛋白）是人类先天免疫系统的成员，直接参与到病毒防御中。
2024-07-16
CRM：哈佛/斯坦福团队借助全新算法，找到调节CD8+T细胞抗癌战斗力的新通路！
GMDF算法的优势在于既可以进行跨数据库、跨瘤种的Meta分析寻找共享性特征，也可以分析特定“场景”，例如单一瘤种或根据患者性别、年龄等特征来做定制分析。
2024-07-06
Science：恶性疟原虫体外系统进化揭示了这种疟原虫产生耐药性的关键决定因素
作者分析了在实验室中进化出的724种恶性疟原虫的基因组，这些恶性疟原虫对118种不同的抗疟疾化合物具有耐药性，其中既包括已有的药物，也包括新的实验药物。
2024-12-05
Nature子刊：张翼/王行环团队开发精确测定单细胞年龄的时钟算法
该研究在ClockDML上发现了与有丝分裂相关的，细胞年龄依赖的染色体可及性，是一种良好的细胞年龄标记物，开发了用该标记物来追踪单细胞年龄的计算方法EpiTrace。
2024-05-13