利用纳米孔全基因组测序追溯陆丰新冠病毒来源
8月14日，广东省汕尾陆丰市报告发生一起新冠肺炎疫情，通过基因同源性比对确定不同病毒株间的亲缘关系和传播过程，能够为公共卫生防控措施提供有力证据和信息，对疫情防控意义重大。广东省疾控中心微检所所长武婕牵头的团队第一时间采取5例感染个案的鼻咽拭子样本，使用纳米孔便携式一体化设备MinION Mk1C，结合ARTIC工作流程，及时完成了COVID-1
纳米孔全长cDNA测序和直接DNA甲基化分析解决大麻基因组拷贝数的争论
大麻（Cannabis sativa）通常分为大麻（Marijuana）和工业大麻（Hemp），通常依据植物产生THC（四氢大麻酚）的含量来区分：大麻的THC含量通常较高（> 10％），工业大麻通常较低（<0.3％），但他们都可以产生高水平的CBD（大麻二酚），工业大麻可用作纤维和燃料且市场增长很快。2015年，索尔克生物研究所（Sa
纳米孔PromethION测序+Shasta完成人类基因组端粒到着丝粒的高效从头组装
Shasta是一个用于纳米孔测序数据的从头组装和矫正算法，由加州大学圣克鲁兹分校（UCSC）和陈-扎克伯格倡议计划（CZI）联合开发。团队在2019年利用初代Shasta分析流程对纳米孔测序数据进行从头组装、矫正和Hi-C拼接Scaffold（图1），使用一台纳米孔PromethION测序设备在9天内完成了11个人类基因组测序，研究成果发表在《N
全球微生物模式基因组测序计划取得重要进展
10月29日，《核酸研究》（Nucleic AcidsResearch）在线发表了国家微生物科学数据中心（中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心）团队关于全球模式微生物基因组数据库gcType的文章。gcType是由我国牵头的全球模式微生物基因组测序计划的重要成果。模式菌株（type strains）是在给微生物定名、分类记载和发表
美国利用纳米孔测序技术，实现对非洲猪瘟病毒基因组的实时检测
非洲猪瘟病毒（ASFV）是非洲猪瘟病毒科家族的唯一成员，是一种大型（200nM）复杂的囊膜双链DNA病毒。ASFV可感染家猪和野猪，扩散快，致死率高（可达100%），对猪业造成严重的经济后果。近期，美国农业部下属的研究机构在Journal of Clinical Microbiology杂志上发表了针对非洲猪瘟病毒的首个结合样品富集、纳米孔Min
非洲病原体基因组计划正式启动，获Illumina、Oxford Nanopore等多家机构投资
近日，非洲疾病控制与预防中心及非洲联盟委员会联合启动了一项病原体基因组计划（Pathogen Genomics Initiative ， PGI），旨在通过配备工具、培训和数据基础设施的跨大陆综合实验室网络，充分利用关键的基因组测序技术，增强病原体疾病监测和公共卫生合作。目前，这项为期四年的测序项目已获得高达1亿美元的资金支持，资金来源包括比尔和
Nat Med：科学家成功利用宏基因组测序技术快速识别人类体液中的病原体
2020年11月16日 讯 /生物谷BIOON/ --近日，一项刊登在国际杂志Nature Medicine上的研究报告中，来自加利福尼亚大学等机构的科学家们通过研究发现，利用宏基因组测序技术（metagenomic sequencing）或能快速检测人类体液样本中的病原体，文章中，研究人员描述了他们如何对多种人群开展宏基因组测序检测，其中大部分人群都是因病
干细胞基因组稳定性调控机制研究取得进展
干细胞是机体发育和组织稳态维持的基础，基因组稳定是干细胞干性维持和再生医学应用的前提。研究干细胞如何维持基因组稳定，有助于推动干细胞的安全应用和理解相关发育疾病的致病机理。中国科学院昆明动物研究所研究员郑萍团队长期关注干细胞维持基因组稳定性的独特机制。前期工作中，该研究团队鉴定胚胎干细胞基因组稳定性调控的关键多功能因子Filia，揭示其不同的作用
Mol Cell：SARS-CoV-2或能利用“基因组折纸技术”来感染宿主细胞并进行复制
2020年11月9日 讯 /生物谷BIOON/ --近日，发表在国际杂志Molecular Cell上的一篇研究报告中，来自剑桥大学和吉森大学的科学家们通过研究揭示了SARS-CoV-2如何利用基因组折纸技术（genome origami）来成功感染宿主细胞并在其中进行复制，相关研究结果或有望帮助开发靶向作用病毒基因组特殊部位的有效药物，从而治疗COVID-
香港大学Kelvin Kai-Wang To 博士团队：纳米孔全基因组测序分析发现全球首例COVID-19康复患者二次感染
8月，香港大学Kelvin Kai-Wang To 博士团队利用纳米孔手持便携式测序仪MinION进行全基因组测序，结合ARTIC和Medaka工作流程分析，发现全球首例COVID-19康复者二次感染病例，基因组学分析显示两次感染病毒不同。对两次感染的病毒基因组学进行分析发现首次感染的病毒基因组属于GISAID V分支、Nextstain19A分