Protein & Cell：绘制出灵长类海马衰老的单细胞转录组图谱
海马体作为脑的重要组成部分，在学习和记忆中发挥重要作用。随着年龄增长，海马功能逐渐退化，导致认知功能的减退以及多种人类神经退行性疾病发生。由于海马结构复杂，细胞组成具有高度异质性，传统研究技术难以精确揭示海马衰老过程中不同细胞类型的衰老规律及分子调控网络。此外，由于伦理及样本来源的限制，不同年龄阶段的健康人类海马组织很难获取，这在一定
研究揭示人类衰老细胞空间基因组表观调控核心机制并绘制衰老相关染色质全局景观图谱
中国科学院上海营养与健康研究所研究员孙宇课题组经合作研究在Nature Aging上，在线发表题为KDM4 Orchestrates Epigenomic Remodeling of Senescent Cells and Potentiates the Senescence-Associated Secretory Ph
PNAS:“实时”转录组学揭示果蝇接种肿瘤细胞后的免疫防御机制
此前研究发现，通过将致癌的RasV12细胞注射到成年雄性果蝇中，会在经过几天的滞后期后大量繁殖，并导致2至3周后果蝇死亡。针对这一现象，来自法国斯特拉斯堡大学的Jules A. Hoffmann团队等人对细胞注射期间的转录组特征进行了研究。相关结果发表在最近的《PNAS》杂志上。
两篇Nat Genet：科学家对诱导多能干细胞进行转录组学分析揭示诱发人类疾病的病因！
2021年3月8日 讯 /生物谷BIOON/ --日前，发表在国际杂志Nature Genetics上的两篇研究报告中，来自德国癌症研究中心和欧洲分子生物学实验室等机构的科学家们通过研究发现，诱导多能干细胞（iPSC，Induced pluripotent stem cells）或能揭示人类疾病的病因。研究者表示，iPSC或许适合帮助他们发现引发复杂罕见遗传
从单细胞转录组中解析出人类肿瘤中的拷贝数和克隆亚结构
美国德克萨斯大学MD安德森癌症中心Nicholas E. Navin团队开发出新方法，可从单细胞转录组中解析出人类肿瘤中的拷贝数和克隆亚结构。该研究于近日在线发表于国际一流学术期刊《自然—生物技术》。研究人员表示，单细胞转录组学分析被广泛用于研究人类肿瘤。然而，将肿瘤微环境中的正常细胞类型与恶性细胞区分开并解析肿瘤内的克隆亚结构仍然具
研究开发出基于深度学习的单细胞转录组分析模型
单细胞转录组作为单个细胞的特征，可更加精确地定义细胞的类型。常规的基于单细胞转录组的分类方法首先是进行无监督的聚类，然后根据每个集群（Cluster）特异表达的细胞标记基因来对集群进行标注。虽然基于无监督的分类方法更容易发现新细胞类型，但是人工标注的过程费时费力。目前已有的基于监督学习的自动分类方法，大部分无法兼顾到方法的可解释性以及
《细胞》亮点：庄小威联合团队看清染色质转录动态；单细胞测序揭示肺癌难根治原因
顶尖学术期刊《细胞》在线发表了多篇论文。第一篇论文来自哈佛大学庄小威教授与Bogdan Bintu教授的联合团队。科学家们开发了一种全基因组范围内的成像技术，能够看清染色质的3D结构与转录活性。研究人员们在摘要中指出，染色质的3D结构调控了许多基因组的功能。如果有一款工具能够看清染色质的3D结构，无疑将帮助我们更好地理解其生理功能。为此，研究人员
Nature Communications：研究发表单细胞转录组数据检索新方法和参考数据库
作为细胞异质性研究的重要工具，单细胞转录组测序技术近年来蓬勃发展，并积累了大量研究数据。若能有效利用现有的单细胞数据进行检索与推断，研究者便能更好地进行新测序单细胞的注释，以及综合多数据集的研究。然而，精确的单细胞转录组数据检索和注释需要克服两个挑战：一、数据集之间的批次效应（batch effect）会显着影响细胞检索的可靠性；二、目前缺少跨物
Nat Biotechnol：科学家发现能准确高效进行单细胞转录组特性分析的最佳技术—Quartz-seq2
2020年4月9日 讯 /生物谷BIOON/ --为了确保单细胞RNA测序能够使用最好的方法，日前研究人员对13种方法进行了基准性的测试，一项刊登在国际杂志Nature Biotechnology上的研究报告中，来自西班牙的科学家们通过研究发现，日本理化所开发的Quartz-seq2方法或许是进行单细胞RNA测序的最佳手段。图片来源：CC0 Public D
Science：对人类血细胞中的所有蛋白编码基因进行全基因组转录组分析
2019年12月31日讯/生物谷BIOON/---在临床和研究环境中，血液都是对人类进行分子分析的主要来源，并且是许多治疗策略的目标，这突显了需要对构成人类血液的细胞进行全面的分子图谱构建。人类蛋白质图谱计划（www.proteinatlas.org）是一个开放式数据库，旨在通过整合各种组学技术（包括基于抗体的成像）来绘制所有人类蛋白的图谱。以前，人类蛋白质