美吉生物 I-Sanger生信云RNA-Seq 2.0上线
“大数据、云计算、免费”这些在互联网行业司空见惯的字眼,在生物行业被一家基因测序公司(美吉生物)掀起了一阵巨浪,??将云平台与高通量测序完美结合,为生物信息学的发展带来了无限可能,推动科研服务带入2.0时代。美吉生物 I-Sanger生信云自上线以来得到了科研用户的广泛好评,用户无需配置Linux操作系统,安装复杂的分析软件,下载大量的数据库,只需在I-Sanger生信云平台中选择相应的分析流程和
利用Perturb-Seq和CRISP-Seq大规模平行分析数以万计基因扰动
多亏两种高度类似的技术:一种技术是由美国布罗德研究所的Aviv Regev和同事们开发出的,该技术被称作Perturb-Seq;另一种技术是由以色列魏兹曼研究所的Ido Amit和同事们开发出的,该技术被称作CRISP-Seq。在一项实验中,利用Perturb-Seq、CRISP-Seq或将这两种技术结合在一起研究众多基因扰动是可能的。
Nat Methods:开发出基于CRISPR/Cas9和单细胞RNA测序的CROP-seq方法
在一项新的研究中,来自奥地利科学院CeMM分子医学研究中心的Christoph Bock及其团队开发出一种新方法:将CRISPR集中筛选和按序筛选(arrayedscreen)的优势结合在一起。通过将CRISPR基因组编辑与单细胞RNA测序整合在一起,他们在单个实验中研究上千个细胞,从而能够平行地确定多种基因的调控影响。
cell host microbe:结合杆菌DNA激活cGAMP-STING信号机制
在抗病毒天然免疫的基础研究领域,cGAS与cGAMP是近几年来非常重要的发现之一。来自美国西南医学中心的陈志坚教授研究组第一次发现了cGAMP是传递DNA病毒感染的天然免疫信号的关键分子。当病毒感染天然免疫细胞时,胞浆中的cGAS能够与病毒DNA结合并促进cGAMP的产生,而cGAMP能够与内质网表面的STING蛋白相互作用,从而促进I型干扰素的分泌。
干扰素基因刺激蛋白(STING)激动剂有望成为小分子肿瘤免疫疗法的“黑马”
最近Aduro生物技术公司的环二核苷酸(CDN)类干扰素基因刺激蛋白激动剂(比如ADU-S100)的一些临床前实验结果刊登在Cell Reports和Science and Translational Medicine等学术刊物上。
解读单细胞RNA-seq技术
多年来,跟踪一个单细胞的转录组,超出了我们的能力。但是现在,时代已经变了,新的单细胞RNA-seq方法,可以分析大量的细胞及它们的命运。我们都参加过大型生日派对:在拥挤的房间里,与许多人聊天、吃饭和庆祝。但
Nature Methods发布重磅结果:新测序技术——Ribose-seq
核糖核苷酸是RNA的基本单位,它们会在DNA复制和修复过程中嵌入基因组DNA,进而影响基因组的稳定性。然而,迄今为止人们还无法鉴定和定位这些插入DNA的核糖核苷酸。
Immunity:生物物理所等在STING蛋白结构与功能研究中取得重要成果
5月10日,国际著名免疫学杂志Immunity在线发表了中国科学院生物物理研究所刘志杰、程根宏(海外团队)、张荣光课题组在重要天然免疫系统信号分子STING结构与功能研究方面的合作研究成果。