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Nature Methods:肿瘤进化的空间图谱,CalicoST算法揭示癌症克隆的基因组与空间演化

CalicoST算法的诞生填补了这一空白。它不仅能够从空间转录组数据中推断出肿瘤的等位基因特异性拷贝数变异,还能够重建肿瘤克隆在空间中的进化轨迹,绘制出肿瘤演化的“进化地图”。

2024-11-10

Nature Methods:肿瘤进化的空间图谱:CalicoST算法揭示癌症克隆的基因组与空间演化

CalicoST算法的核心优势在于其能够从SRT数据中精确推断等位基因特异性拷贝数变异(allele-specific CNAs)。

2024-11-23

Nat Biotechnol:科学家通过利用新型算法分析肿瘤的遗传组成 有望准确测定癌症的进化机制

文章中,研究人员详细了一种新型在线资源,其或能帮助科学家们选择最佳的算法进行肿瘤进化的分析,同时还能增强对肿瘤的诊断准确性和疗法计划。

2024-06-21

豆科植物根瘤共生固氮进化机制研究获进展

研究发现,豆科植物对根瘤菌共生固氮的适应性进化需要植物保守基因、豆科获得基因、豆科丢失基因,而建立豆科植物根瘤菌共生固氮是上述基因共同作用的结果。

2024-10-13

消除取向优势问题的冷冻电镜三维重构新算法获得进展

科研人员利用SIRM方法,对几种带有缺失锥的数据集进行处理。结果显示,使用SIRM方法后的重建图像在缺失锥方向上的分辨率得到提高,恢复了取向优势带来的密度畸变问题,并提升了分辨率。

2024-08-08

Cell:AI算法解锁精神疾病遗传密码,精准定位“书中的错乱章节”

这个名为复杂结构变异自动重建算法(ARC-SV)的新工具能够以95%的准确率捕捉各种DNA重排。

2024-10-26

科研人员开发基于深度学习模型的空间转录组精细分辨率细胞注释算法

STASCAN提供了用于整合空间基因表达信息和组织学图像进行精细分辨率细胞注释的工具,在解码细胞空间精细分布和解析特异组织结构方面具有优势。

2024-11-10

Nat Methods:瞿昆/黎斌/陈发来合作系统性评估单细胞多组学分析算法

结果显示,在蛋白质丰度预测方面,totalVI 和 scArches 表现最为优异;在染色质可及性预测中,LS_Lab 算法排名领先。

2024-10-02

Sci Adv :关注进化中的谜团!为什么父亲的线粒体不能遗传给后代

该文章以充分详实的证据表明:如果不及时清除胚胎中的父系线粒体,成年后的动物会表现出多种功能缺陷和行为异常,不利于动物个体的生存和种群的繁衍,从而论证了父系线粒体在胚胎发育早期被完全清除掉的必要性。

2024-10-10

清华大学程功团队开发AI语言模型,预测新冠病毒突变和进化

该研究开发的SVEP模型,显著提高了数据处理效率,减少了计算资源的消耗,使模型能够更有效地模拟组合突变。

2024-12-27