Nature子刊:谭济民/夏波等开发基因组构象预测模型C.Origami及高通量计算遗传筛选新方法
不同种类细胞中基因组构象的差异决定了基因表达的特异性,进而决定不同细胞类型的功能差异。长久以来,从原位杂交到高通量检测如Hi-C、micro-C技术,基因组构象检测的实验方法通常耗时耗力
樊嘉院士团队研究证实,cfDNA甲基化测序用于癌症早筛极具价值
我国自主研发的循环游离DNA(cfDNA)甲基化检测技术ELSA-seq,能较为敏感地筛查肺癌、结直肠癌等6种常见癌症,并显著减少晚期癌症的发生,从而提高癌症患者整体的5年生存率!
NAR:中科院深圳先进院马迎飞团队开发高通量制备底盘噬菌体方法
在CiPGr的操作过程中,研究团队只需要获得噬菌体基因组序列,就能够将该方法轻松推广至其他野生型噬菌体而不需要其他先验的知识。
空间多位点测序为肝癌异质性评估和患者免疫分型提供新思路
近日,上海交通大学医学院附属仁济医院肝脏外科/肝移植中心杭化莲团队和上海市肿瘤研究所王存团队合作在《Genome Medicine》
Cell | 复旦大学樊少华等利用全基因组测序揭示非洲人群的复杂演化历程与对环境的适应性进化
现代人类起源于非洲,相比于其它大陆,现代人类在非洲居住时间最长。并且在迁徙,融合和对环境适应性进化的过程中形成了超过3000个民族和2100种语言。目前非洲人群不仅具有世界上最丰富的遗传多样性和表型多
上海交大杭化莲/王存团队通过空间多位点测序,为肝癌异质性评估和患者免疫分型提供新思路
当前大多数用于肝癌预后风险评估的模型都是基于单区域采样队列开发,这些风险评估模型在开发时未完全考虑瘤内异质性这一重要因素,因此很容易受采样偏倚的影响,从而导致其准确性受到较大限制。
曾虎等建立新型空间测序技术,精确测定阿尔兹海默病的脑细胞变化
该研究将STARmap PLUS用于阿尔茨海默病(AD)小鼠模型,揭示了AD病理特征蛋白质周围的细胞组成和基因表达改变。STARmap PLUS将单细胞基因表达与组织病理连接起来,为精确定位病理过程中
Nature子刊:哺乳动物细胞高通量基因编辑平台构建及碱基编辑AI预测模型方面获进展
碱基编辑器(Base Editor,BEs)能够有效修改基因组的特定碱基,为纠正人类已知的致病性单核苷酸变异(Single nucleotide variations,SNVs)带来了希望。
“九层妖塔”基因密码破解,华大智造测序仪展露古DNA“捕获”硬核本领
华大智造MGISEQ-2000测序仪也已被广泛应用于各种组学研究,并且具有更灵活的读取长度选择、更高通量和更低成本。