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大脑中的“园丁”与“杂草”Nature:利用空间转录时钟揭示大脑衰老过程中的细胞邻近效应

这项研究表明,细胞之间的互动——而不仅仅是单个细胞的特性,在塑造衰老过程中起着关键作用。

2024-12-27

Cell:樊荣团队开发全球首个临床级福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样本的空间全转录测序技术

在约2300种已知的人类成熟microRNA中,Patho-DBiT在MALT切片中检测到了1352种microRNA,其映射序列的长度峰值为21个核苷酸,与此类小RNA的已知长度完全一致。

2024-10-04

Dev Cell:余逸群/余洪猛/刘环海/任雯雯绘制嗅上皮衰老的单细胞转录图谱

该研究建立了哺乳动物嗅上皮衰老的单细胞转录组图谱(图1),解析嗅上皮细胞类型特异性的衰老相关差异表达基因,发现衰老导致嗅上皮中存在激活型HBC,揭示Egr1和Cebpb是转录调控网络中的核心因子。

2024-08-27

Nature Methods | 解码基因调控新机制:系统性发现人类转录中的RNA结构开关

该研究展示了RNA结构开关在基因表达调控中的重要性,并强调了开发新的RNA开关鉴定方法的必要性。未来,SwitchSeeker有望被应用于更广泛的转录组研究中,揭示更多关于RNA结构和功能的奥秘。

2024-07-20

Nat Cell Biol:单细胞新RNA测序在单次转录爆发层面上揭示了转录原理

通过改进的单细胞新RNA测序技术(NASC-seq2),研究深入揭示了转录爆发的动力学原理,发现了合成率在决定转录爆发规模中的关键作用。

2024-09-26

Journal of Advanced Research: 转录关联研究为香榧仁油和脂肪酸的生物合成调控提供了新的思路

研究者构建了一个高完整性的基因组表达区参考序列。并对170个不同地方品种大田葵籽粒的10个脂肪酸和油脂性状进行了转录组参考关联研究(TRAS)。

2024-07-30

Nature:新研究揭示RNA控制着多样性引发逆转录因子的逆转录

RNP相互作用和主动构象Ghosh实验室发现这种RNA包裹bRT并位于桶形Avd上方,形成一种紧密的核糖核蛋白(RNP)。这种核糖核蛋白中丰富的基本相互作用精确地将RNA同源双链定位在bRT活性位点,

2025-01-29

Nature Methods | 何爱彬/舒绍坤团队合作开发单细胞药物基因靶点检测新技术解析表观耐药机制

scEpiChem提供了一个全面的高通量分析框架,捕捉了传统bulk分析无法实现的小分子药物反应的细胞异质性特征。

2024-07-20

Science:利用人工智能确定人类基因转录起始的序列基础

Puffin程序显示,根据这些序列模式的排列方式,它们可以激活或抑制基因的转录。它还能预测这些序列模式的排列如何引导 RNA 聚合酶优先转录 DNA 的单链或同时向相反方向转录两条链。

2024-05-26

Nature子刊:诸颖团队开发空间转录语义注释新算法Pianno

在这项研究中,研究团队展示了Pianno在注释各种形状的解剖结构以及病灶和细胞类型方面的卓越性能,这些数据来自不同的空间技术平台。

2024-04-10