BMC Bioinfor:章张等开发出检测密码子使用偏好的新算法
近日,中国科学院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室“百人计划”章张研究员带领其团队,成功设计开发出检测密码子使用偏好(Codon Usage Bias,简称CUB)的新算法:密码子偏差系数模型(Codon Deviation Coefficient,简称CDC)。该研究成果发表在BMC Bioinformatics杂志上。
Nature:加州大学研究人员发现密码子包含蛋白质合成速度信息
加州大学的研究人员发现了隐藏在遗传密码中以前从未被认识到的信息。他们的这一发现得归功于加州大学开发的一种叫做核糖体作图(ribosome profiling)的技术,该技术可对活细胞内的基因活性进行测定—包括基因所编码的蛋白质翻译的速度。相关研究论文3月28日在线发表于《Nature》。
:科学家揭示新型蛋白质翻译后修饰并鉴定出63个组蛋白密码
随着人们对蛋白质功能和生物学机制的研究的逐步深入,蛋白质翻译后修饰的重要性与日俱增。比如磷酸化、乙酰化、甲基化、泛素化和糖基化等翻译后修饰是真核细胞生物调节蛋白质发挥生物学功能的重要方式,对发育、代谢、疾病等众多生理过程均起到关键的调控作用。
:揭示钙粘附蛋白-11活性丢失导致肿瘤转移至淋巴结
基于PDB文件2a4c并利用PyMOL构建出钙粘附蛋白-11(cadherin-11)结构图,图片来自维基共享资源。 肿瘤转移导致90%癌症病人死亡。理解这种过程的作用机制是癌症研究的首要目标之一。肿瘤转移过程涉及一系列连接在一起的步骤,从而使得原发性肿瘤侵袭周围组织,最终在全身扩散。肿瘤发生转移时侵袭的首批组织之一就是肿瘤周围的淋巴结。
Cell:新技术揭示DNA密码中的5-羟甲基胞嘧啶隐秘信息
由于缺少在全基因组范围内,对5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)进行单个碱基水平分辨率的作图手段,对5hmC的研究一直进展缓慢。5月17日Cell杂志在线发表了Chuan He研究组的研究论文“Base-Resolution Analysis of 5-Hydroxymethylcytosine in the Mammalian Genome”将这一研究方向推进了一大步。
Nat Commun:粘附分子帮助癌细胞挣脱原位转移至新组织
2012年10月10日 电 /生物谷BIOON/ --肿瘤转移是导致90%癌症患者死亡的主要原因之一,但癌细胞从身体的一个部位扩散到另一组织器官的确切机制仍被完全阐明,一个关键问题是肿瘤细胞是如何从原位肿瘤组织脱离,然后定位于新的器官继续生长的。 近日,麻省理工学院癌症研究人员的一项新研究揭示了一些细胞粘附分子在肿瘤细胞这一过程中发挥关键作用。
AFM:细胞和微生物的差异性粘附
来自美国和荷兰的研究人员构建了一种图案化的表面,该表面在促进哺乳动物细胞粘附的同时可以阻止微生物的定植。 目前对于医用植入体的要求不仅仅停留在无害的阶段;相反,新的植入物需要具有活性的表面,可以与生物组织迅速相互作用,刺激细胞的粘附、迁移和增殖,并刺激骨骼生长。 然而,适合人类细胞生长的表面通常也适合细菌的生长;如果细菌抢先在植入体表面定植,这个植入物可能就必须通过手术切除掉。