研究揭示肌醇多磷酸激酶IPMK抑制转录因子TFEB的液-液相分离调控自噬活性的机制
近日，Developmental Cell发表了中国科学院生物物理研究所研究员张宏课题组题为Inositol polyphosphate multikinase inhibits liquid-liquid phase separation of TFEB to negatively regulate autophagy
大数据揭示无论癌症的来源如何，癌症可分为112种亚型，在每种亚型中，控制癌症转录状态的主调节蛋白几乎完全相同
2021年1月16日讯/生物谷BIOON/---数千种不同的基因突变与癌症有关，但一项针对近万名患者的新研究发现，无论癌症的来源如何，肿瘤都只能分类为112种亚型，而且在每种亚型中，控制癌症转录状态的主调节蛋白几乎完全相同，与每个患者的特定基因突变无关。这项研究证实了主调节蛋白提供的分子逻辑整合了许多不同的和患者特异性突变的影响，以实现特定肿瘤亚型的转录状态
研究揭示H3K27me3识别与转录抑制调控的新机制
近期，中国科学院分子植物科学卓越创新中心、上海植物逆境生物学研究中心研究员段成国课题组和研究员朱健康课题组合作，在Nature Communications上，发表了题为Coupling of H3K27me3 recognition with transcriptional repression through the BAH-PHD-CPL2
Science | 颠覆教科书的发现：冷冻电镜揭示转录背后的故事
在转录阶段，RNA需要在正确的位置终止，究竟是谁在负责这一过程？五十年前，科学家们推测到一个可能的模型：一种六聚体环状的RecA家族RNA转位酶ρ（Rho），能够先与RNA结合，参与ATP驱动的RNA聚合酶向RNA的转位，当RNA聚合酶停止时，ρ便帮助特定的RNA片段从DNA上离开【1】。这也是教科书里面给我们的解释。但是，一些研究者意识到这种说
Nat Biotechnol：对人多能性干细胞进行定制化转录因子编程，产生数百种分化细胞
2020年12月5日讯/生物谷BIOON/---诱导性多能干细胞（iPS）有潜力转化为多种细胞类型和组织，用于药物测试和细胞替代疗法。然而，这种转化的“配方”往往很复杂，难以实现。在一项新的研究中，来自德国德累斯顿工业大学再生治疗中心、波恩大学和美国哈佛大学的研究人员发现了一种利用转录因子系统性地从ips细胞中快速和轻松地提取神经元、结缔组织细胞和血管细胞等
揭示Rho让RNA聚合酶失活终止转录新机制
2020年11月29日讯/生物谷BIOON/---基因表达分为转录阶段和翻译阶段。科学家们之前一直并不知道在细胞中，DNA转录一旦开始，是如何被正确关闭的。在转录过程中，一种称为RNA聚合酶的酶将自身包裹在DNA的双螺旋周围，使用一条DNA链与核苷酸匹配以形成遗传物质的副本---一条新合成的RNA链，该RNA链的合成在转录完成后会释放出来。所产生的RNA可以
纳米孔PromethION测序+Shasta完成人类基因组端粒到着丝粒的高效从头组装
Shasta是一个用于纳米孔测序数据的从头组装和矫正算法，由加州大学圣克鲁兹分校（UCSC）和陈-扎克伯格倡议计划（CZI）联合开发。团队在2019年利用初代Shasta分析流程对纳米孔测序数据进行从头组装、矫正和Hi-C拼接Scaffold（图1），使用一台纳米孔PromethION测序设备在9天内完成了11个人类基因组测序，研究成果发表在《N
利用纳米孔测序研究人体组织样本等位基因效应对转录组结构的影响
不同的组织和个体之间的基因表达和调控的差异很大，大部分的常见复杂性状相关的基因组通过假定表达和剪接机制来发挥作用，如10%的致病突变都具有已知的剪接效应，RNA测序则能够很好的分析等位基因特异性并解读遗传变异。迄今为止的大多数RNA测序研究都使用短读长RNA测序技术；由于短读长容易出现多重定位的情况，因此很难确定异构体的来源，同时会给定量带来干扰
Cell：我国科学家揭示新冠病毒复制转录复合体的低温电镜结构
2020年11月17日讯/生物谷BIOON/---SARS-CoV-2 mRNA的转录需要由复制转录复合体（replication and transcription complex, RTC）促进的一系列反应。在一项新的研究中，来自中国清华大学、上海科技大学和武汉大学的研究人员展示了SARS-CoV-2 RTC向cap结构合成过渡时的结构快照。他们解析出由
研究开发出基于深度学习的单细胞转录组分析模型
单细胞转录组作为单个细胞的特征，可更加精确地定义细胞的类型。常规的基于单细胞转录组的分类方法首先是进行无监督的聚类，然后根据每个集群（Cluster）特异表达的细胞标记基因来对集群进行标注。虽然基于无监督的分类方法更容易发现新细胞类型，但是人工标注的过程费时费力。目前已有的基于监督学习的自动分类方法，大部分无法兼顾到方法的可解释性以及