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浙大叶恭银教授组纳米孔测序从头组装高质量麦蛾茧峰基因组

 2020年7月14日,浙江大学叶昕海博士、叶恭银教授、李飞教授和贝纳基因共同合作完成20ng超低起始量麦蛾茧峰基因组组装,这是首次使用低于100 ng的DNA完成全基因组组装。解决了个体小、样品稀有、只能获取少量DNA的物种的基因组组装的难题。贝纳基因开发的全基因组复制后基因组组装的流程,可以对ng级DNA的个体进行基因组组装。研究成果发表在预印

2020-11-19

纳米孔长读长测序完成蜂鸟高度连续基因组组装并提高异构体识别

 蜂鸟是一个“非常有趣的研究系统”,它具有惊人的糖氧化和脂肪分解能力,在进食状态下,它们能够利用外源糖,为能量消耗巨大的飞行提供燃料,然而当不再进食时,它们完全依靠内源性脂肪储备来为悬停飞行提供燃料,这些糖可以在30分钟内代谢。相比之下,人类需要大约2小时才能利用这些外源糖。超过52%的美国人受到包括糖尿病在内的代谢疾病的影响,蜂鸟可以保持持续的高

2020-11-19

纳米孔测序技术在遗传病结构变异中的检测和应用

 遗传病是指由遗传物质发生改变而引起的或者是由致病基因所控制的疾病,具有先天性、终生性和家族性,且病种多,发病率高等特点,基因组变异主要分为SNV(单碱基变异)、Indel、结构变异(SVs)三大类。其中结构变异(SVs)通常指基因组上大的序列变化和位置关系变化,包括长度在50bp以上的长片段序列插入或者删除、串联重复、染色体倒位、染色体内部或染色

2020-11-15

纳米孔测序准确鉴定混合谱系(MLL)白血病复杂易位,识别差异性甲基化规律

 急性白血病是一种骨髓癌症,特征是骨髓中由超过20%的白血病母细胞,治疗目标是达到完全缓解,有功能正常的骨髓,母细胞少于5%,而每位患者对治疗都会有不同的响应,并有可能存在具有临床显着性的微小残留病变(MRD),我们需要了解这些微小残留病变,因为它可能会导致复发,MRD监测是急性白血病和其它癌症中的一个快速新兴的领域。Tracy专注于混合谱系白血病

2020-11-19

基于纳米铁氧体磁性材料的肿瘤治疗研究获进展

 化学治疗是目前肿瘤治疗的常见方法之一,然而,肿瘤细胞在其过程中产生的耐药性限制该治疗策略的有效性。同时,依靠pH和氧化还原策略触发药物释放的常规方式,无法通过外部刺激控制其释放过程,使得该类技术的发展面临挑战。近年来,利用磁控方法克服肿瘤耐药性,实现安全、可控、有效地治疗癌症已成为该领域的研究热点之一。该方法可自由控制纳米药物的释放时间,提高药物

2020-10-11

利用纳米孔全基因组测序追溯陆丰新冠病毒来源

 8月14日,广东省汕尾陆丰市报告发生一起新冠肺炎疫情,通过基因同源性比对确定不同病毒株间的亲缘关系和传播过程,能够为公共卫生防控措施提供有力证据和信息,对疫情防控意义重大。广东省疾控中心微检所所长武婕牵头的团队第一时间采取5例感染个案的鼻咽拭子样本,使用纳米孔便携式一体化设备MinION Mk1C,结合ARTIC工作流程,及时完成了COVID-1

2020-11-15

纳米孔全长cDNA测序和直接DNA甲基化分析解决大麻基因组拷贝数的争论

 大麻(Cannabis sativa)通常分为大麻(Marijuana)和工业大麻(Hemp),通常依据植物产生THC(四氢大麻酚)的含量来区分:大麻的THC含量通常较高(> 10%),工业大麻通常较低(<0.3%),但他们都可以产生高水平的CBD(大麻二酚),工业大麻可用作纤维和燃料且市场增长很快。2015年,索尔克生物研究所(Sa

2020-11-19

纳米孔PromethION测序+Shasta完成人类基因组端粒到着丝粒的高效从头组装

 Shasta是一个用于纳米孔测序数据的从头组装和矫正算法,由加州大学圣克鲁兹分校(UCSC)和陈-扎克伯格倡议计划(CZI)联合开发。团队在2019年利用初代Shasta分析流程对纳米孔测序数据进行从头组装、矫正和Hi-C拼接Scaffold(图1),使用一台纳米孔PromethION测序设备在9天内完成了11个人类基因组测序,研究成果发表在《N

2020-11-19

研究发现细菌胞内生物矿化可形成磁性纳米化石

 1963年,意大利学者Bellini首次在淡水中发现磁敏感细菌,并发表研究成果,但未引起关注。1975年,一位美国微生物学博士在研究海底污泥中螺旋菌时,意外发现这一类能够沿外加磁场游泳,在细胞内合成链状排列的纳米级四氧化三铁晶体颗粒的微生物,将其命名为趋磁细菌,引发科学家关注,拉开趋磁细菌研究序幕。1986年,美国和德国的两个研究小组在海洋沉积物

2020-10-11

这家企业研发出国内首款纳米孔基因测序仪

 提取人类基因进行检测对疾病预警、诊断分析和控制治疗有着重要意义特别是在判断肿瘤和未知病原时能给医护人员提供关键信息如今,一台小巧便携的仪器就可以完成这项艰巨的工作这台仪器就是齐碳科技在今年9月发布的国内首款纳米孔基因测序仪QNome-9604,同步还发布了配套的测序芯片QCell-3841和测序试剂盒Qeagen-8,后两者是基因测序仪的核心组件

2020-11-11