Nature：利用单细胞转录组学揭示成神经管细胞瘤不同亚型的细胞组成
2019年7月28日讯/生物谷BIOON/---成神经管细胞瘤（medulloblastoma）是一种恶性儿童小脑肿瘤类型，包含不同的分子亚型。成神经管细胞瘤已被分为四种不同的分子亚型：WNT和SHH（均由它们的同名基因发生的突变驱动），组3和组4。组3和组4占所有成神经管细胞瘤病例的60％，但是也最少被人理解的。这部分上是因为当前没有在遗传上准确地模拟组4的实验室模型。此外，尽管这些亚型的基因组
国内首个菊花脑基因组测序-纳米孔测序再发高分论文
菊属植物种类繁多，又含多种栽培种，兼具观赏和药用价值，且染色体组结构从2n=18到8n=72之间，十分复杂，多年来难以攻破。中药所所长陈士林研究员、副研究员宋驰博士等利用ONT平台解析了可能代表栽培菊属祖先基因组的二倍体菊花脑基因组，分析表明其演化受重复序列爆发和近期WGD事件的驱动，该基因组复制事件在约38.8个百万年前将菊属和向日葵分化开来；菊花脑观赏及药用性状的变异与
纳米孔测序实现对人体肠道微生物组中抗性决定因子和移动元件的高分辨率分析
微生物组学的研究——即给定样本中所有微生物的遗传物质的研究最近引起了相当大的关注，而这主要是因为人们认识到我们身体和环境的微生物的组成会对我们的健康产生深层影响。肠道微生物是人体代谢的重要参与者，拥有丰富的微生物群落，数万亿的细菌同时存在，并通过饮食和偶尔的抗生素选择，创造了一个抗生素抗性基因很容易在细菌物种之间转移的动态环境。随着多重耐药性生物体的普遍存在，其中许多生物体在质粒上携带
印度实施大规模基因组测序计划
据4月19日《印度教徒报》消息，印度将实施一项涉及1万人的基因组测序项目，以便进一步开展相关疾病防治研究。2003年人类基因组首次被测序，开启了将个体特定基因与疾病相关联的新途径。包括囊性纤维病、珠蛋白生成障碍性贫血等在内的近万种疾病与单个基因故障有关。同时基因还可能对特定药物具有不同敏感性，基因测序还显示癌症可以从基因角度来理解，而不是特定器官的病变。从全球来看，目前很多国家已经开展
科学家绘制造血干细胞扩增组织的3D转录组图谱
血液系统中贮藏着一种具有自我更新、分化成各种血细胞潜能的成体干细胞，称为造血干细胞，它能够维持机体长久造血和组织稳态。造血干细胞移植是恶性血癌的有效治疗手段，但干细胞来源不足成为限制该治疗广泛应用的瓶颈。因此，造血干细胞的发育，尤其是造血干细胞扩增的研究备受关注。然而，现在的研究主要集中在特定细胞群体或关键因子的“线性化”或“平面化”解析，缺乏全面“立体化”的分析。从系统生物学角度解析
Nat Commun：揭秘转录因子“勘察”细胞基因组的分子机制
2019年2月12日 讯 /生物谷BIOON/ --转录因子（TFs）是一种能调节基因表达的特殊蛋白，其能在完整的基因组中搜索并结合特殊区域来调节基因的表达；我们都知道，转录因子不仅能结合特殊的DNA序列，还能非特异性结合任何DNA链。这些非特异性的关联就能够明显增加转录因子寻找特殊靶点的能力，然而目前研究人员并不清楚在扫描大量基因组、定位以及结合特殊位点时，人类机体中超过1500种转录因子的的效
樟科植物比较转录组学研究获进展
樟科植物在克朗奎斯特分类法中被分到木兰亚纲（Magnoliidae）中，被视为双子叶植物中比较原始的类群。这类植物的萼瓣不分，花瓣和萼片联合在一起，统称花被。樟科树种具有多种经济用途，许多种类的种子富含脂肪酸。然而，这一类群的遗传学与基因组学研究背景十分薄弱，目前仅有鳄梨（Persea americana）、山胡椒（Lindera glauca）和山鸡椒（Litsea cubeba）等
鱇浪白鱼全基因组测序与进化遗传分析取得进展
云南素有动植物王国之称，鱼类资源尤其突出。鱇浪白鱼（Anabarilius grahami）是分布在全国第二大深水湖——云南抚仙湖流域的特有鱼类，也是“云南四大名鱼”之一。鱇浪白鱼有一系列独特的生物学特点被认为和抚仙湖的形成和演化过程密切相关，此外，抚仙湖周边传统的车水捕鱼文化、神奇的界鱼石传说等也使得该鱼具有独特的人文价值。历史上，该鱼一直都是抚仙湖主产经济鱼类，因味鲜肉美而名扬四海
AJHG：新生儿基因组测序能够发现未知遗传风险
2019年1月6日 讯 /生物谷BIOON/ --随着基因组测序在临床中变得越来越普遍，关于其在新生儿中的使用和作用仍存在疑问。测序可以提供可操作的见解吗？能够找到对孩子未来健康有重要意义的发现吗？测序对家庭有什么好处或后果？ 最近一项研究揭示了这些问题的答案。在《American Journal of Human Genetics》杂志发表的一篇论文中，该研究小组报告说，基因组测序可以
转录组层面上研究蛋白质-RNA相互作用的技术及方法综
两周前，小编给大家推荐了清华大学张强峰教授在QB期刊上发表的关于转录组层面上研究RNA-RNA相互作用的干湿实验方法的综述文章后（点击这里进入该篇文章），引起了许多小伙伴的关注。并且也有小伙伴问，RNA在转录组层面上的相互作用不仅有RNA-RNA之间的，应该还有蛋白质-RNA之间的相互作用呢！那关于RNA-蛋白质相互作用的研究进展又如何呢？