噬菌体在哺乳动物肠道中与它们的细菌宿主大量自然共存。抗生素处理会负面影响肠道环境，造成免疫和代谢缺陷。以前，肠道平衡的破坏主要是在细菌层面上被研究的，但在这项研究中James Collins及同事却采用 “比较元基因组学”方法来分析在用抗生素处理后小鼠肠道中的噬菌体类群。他们发现，暴露于“环丙沙星”或“氨比西林”，会富集与对抗生素的抵抗力相关的由噬菌体编码的基因。
