Methods:德发明蛋白序列比对新工具——HHblits
近日,德国慕尼黑大学的研究人员发表论文介绍一种能提高蛋白序列比对分析的新工具:HHblits。相关成果公布在《自然—方法学》(Nature Methods)杂志上。
MCB:发现非编码序列调控基因表达的拼图
来自瑞典卡罗琳斯卡医学院的研究人员取得了基因调控研究的突破性进展——他们识别出了结合在调控基因表达的400多个蛋白上的DNA序列,这将有助于解析为什么不同的个体基因组对疾病患病风险的影响不同。 2000年,科学家们完成了人类基因组测序,希望能将这整个人类DNA序列信息,迅速转换到临床应用上来,比如新型药物,和能判断有患病风险的个体的预测工具。
Cell Reports:复合物Msh2-Msh3干扰冈崎片段加工来促进三核苷酸重复序列扩增
2012年9月3日 讯 /生物谷BIOON/ --科学家们假设DNA复制错误会导致三核苷酸重复(trinucleotide repeat, TNR)序列扩增,特别是在DNA滞后链的复制过程中。如果滞后链能够成功复制的话,那么就需要对冈崎片段进行加工,并将它们连接到连续链(continuous strand)上。
:世界首次公开和破译双峰驼全基因组序列图谱
11月13日,中国科学院上海生命科学研究院/中国科学院系统生物学重点实验室李亦学研究员课题组与内蒙古农业大学、上海交通大学、南开大学等研究机构的科研人员合作完成了世界首例双峰驼全基因组序列图谱绘制和破译工作,成果在Nature子刊Nature Communications上在线发表,这项工作的生物信息学分析部分的主要研究骨干是系统生物学重点实验室的丁国徽副研究员,王振博士后以及李圣迪研究生等。
PLoS ONE:白介素-3基因序列变异影响人类大脑容量
神经系统是人类区别于其他物种最显著的特征之一。相对于其他物种,人类的大脑高度发达,主要体现在全脑容量的变化。如人类的大脑容量是旧大陆猴-如猕猴脑容量的20.6倍,长臂猿的14.4倍,与人类亲缘关系最近的灵长类-黑猩猩的4.3倍。
JCI:发现一小段DNA序列控制血细胞发育和血管完整性
2012年9月11日 讯 /生物谷BIOON/ --蛋白GATA2被称为血细胞发育的主要调节物。当编码GATA2的基因发生突变时,严重性血液疾病如急性髓系白血病(acute myeloid leukemia, AML)就会产生。 美国威斯康星大学麦迪逊分校研究人员和美国国家卫生研究院的合作者开展合作,重点研究GATA2基因,从而意外地发现一小段DNA序列促进这种强大的主要调节物表达。
Gene Dev:揭示基因序列长度在基因表达中发挥着关键性作用
2012年10月9日 讯 /生物谷BIOON/ --来自丹麦奥胡斯大学的研究人员揭示人基因末端之间存在令人吃惊的相互作用:如果一种蛋白编码基因太短的话,它将失活。这些发现也解释了一些短序列的基因如何进化来克服这种难题。相关研究结果于2012年发表在Genes & Development期刊上。 人基因组容纳着上千个基因,每个基因当它是活性时能够产生蛋白。
Nat Methods:澳大利亚科学家发明“拼写检查”基因序列新方法
澳大利亚昆士兰大学的科学家发明一种快速,可靠,简便的纠错方法,可如同计算机检查文字拼写错误那样,发现基因测序过程中产生的扩增序列DNA代码错误。这项成果发表在今年5月出版的《自然》旗下子刊《自然方法学》Nature Methods上。 新方法编制的软件称为“刺槐(Acacia)”,特别适用于分析微生物基因的重要片段——扩增子。
Nat Genet:完成对毛竹基因组序列的框架图
2月24日,国际著名杂志Nature Genetics杂志在线发表了由中国林业科学研究院林业研究所、中国科学院上海生科院植生生态所国家基因研究中心和国际竹藤中心等合作完成的“毛竹全基因序列框架图”的论文。
Stroke:3D T1加权梯度回波序列有助预测颈动脉支架相关的脑栓塞
预防脑栓塞是颈动脉支架(CAS)的一个重要问题。为此,日本Mie医学研究生院神经外科的Hiroshi Tanemura 博士等人进行了一项研究,研究结果于2012年11月20日在线发表在Stroke杂志上。研究结果发现:3D T1加权梯度回波(3D T1GRE)序列有助CAS相关脑栓塞的预测。