Cell:开发出一种称为 Open-ST 的空间转录组学平台,能够三维重建组织内细胞中的基因表达
Open-ST 提供了一种高性价比、高分辨率、易于使用的方法,可同时捕捉组织切片的组织形态和空间转录组学信息。连续的二维图谱可以对齐,可将组织重建为三维“虚拟组织块”。
Nature Methods | 解码基因调控新机制:系统性发现人类转录组中的RNA结构开关
该研究展示了RNA结构开关在基因表达调控中的重要性,并强调了开发新的RNA开关鉴定方法的必要性。未来,SwitchSeeker有望被应用于更广泛的转录组研究中,揭示更多关于RNA结构和功能的奥秘。
Cell系列综述:刘光慧团队在单细胞水平上概述代谢衰老的异质性
该综述详尽地概述了代谢衰老在组织和细胞异质性上的特征,并分析了这些异质性对干预措施的反应。同时深入剖析了衰老过程中关键代谢途径的脆弱性,并评估了在不同器官和细胞类型中代谢衰老干预策略的效能。
Nature Genetics:单细胞视角下的肿瘤增殖密码——SPRINTER精准解析克隆异质性的新工具
该方法不仅揭示了克隆间增殖率的显著异质性,还关联了高增殖克隆与癌症转移潜力、循环肿瘤DNA(ctDNA)释放等临床重要特征。
Nature:单细胞多组学研究揭示唐氏综合征儿童易患白血病的原因
这项单细胞多组学研究为唐氏综合征胎儿造血提供了高分辨率分子图谱,并表明唐氏综合征患者细胞基因组中存在显著的调节重构,从而导致他们易患白血病等血液学疾病。
Nat Methods:瞿昆/黎斌/陈发来合作系统性评估单细胞多组学分析算法
结果显示,在蛋白质丰度预测方面,totalVI 和 scArches 表现最为优异;在染色质可及性预测中,LS_Lab 算法排名领先。
Cell Genomics:刘琦/严钢团队开发TCR和T细胞转录组跨模态整合分析的AI框架——UniTCR
UniTCR提出了一种低质跨模态场景下的免疫组学有效整合和表征的AI框架,以赋能诸多免疫数字解码相关的下游任务分析。
Cell Metab:吕德官等揭示胶质母细胞瘤中调控表观转录的关键代谢途径
该发现揭示了MDH2是维持GSCs代谢和表观转录组网络的关键环节,为开发更为有效的靶向治疗方案铺平了道路。
Nat Cancer:王红阳/陈磊团队绘制肝细胞癌单细胞分辨率空间原位蛋白图谱,揭示肝细胞癌微环境空间异质性
利用CODEX技术,研究人员对401名HCC患者的肿瘤样本进行36种抗体染色,分辨率达0.377 μm/pixel,一共获得了4,347,731个细胞,定义了72个细胞表型以及40个细胞邻域关系。
浙江大学张进团队解析iPSC-NK细胞分化中转录因子的重要作用,为合成免疫细胞奠定基础
该研究为进一步改造iPSC以获得具有增强功能的合成免疫细胞提供了蓝图,证明了可以通过引入与另一种类型的免疫细胞相关的关键因子来增强一种新型合成免疫细胞的功能多样性。