《自然·癌症》:巨噬细胞又有新花招!复旦大学发现全新巨噬细胞亚型促肝癌的新机制
该研究利用整合多组学分析的方法,为全面了解HCC肿瘤微环境的空间异质性和细胞之间的相互作用提供了新的视角,并强调了VIM高表达巨噬细胞和Treg细胞相互作用在HCC进展中的作用。
National Sci Rev:科学家识别出一种能通过靶向作用线粒体ATP酶发挥作用的强大抗肿瘤制剂
本文研究结果表明,Ru5在体内或许能表现出比顺铂更高的抗癌疗效,研究人员首次利用图片点击蛋白质组方法结合多组学方法识别出了钌多吡啶配合物的特殊分子靶点。
研究揭示人视网膜神经发育和再生的潜在新机制
scRICA-seq在单细胞水平实现了表观遗传学、RNA转录和剪接的整合分析,发现染色质可及性和命运决定因子协同调控下游基因的表达和转录剪接,为阐明视网膜神经元发育和命运决定的机制提供了新思路。
Nature:非对称分裂驱动CD8+CAR T的命运选择
这项研究通过LIPSTIC、蛋白质组-转录组-TCR scRNA-seq等手段,揭示非对称分裂引起CAR T细胞子代膜蛋白质组、转录组和代谢组的差异并进一步促进子代细胞命运的分化选择。
Nat Mach Intell:识别肿瘤新抗原-物理启发的Sliding-Transformer神经构架
PISTE算法将物理/生物的先验规则与数据驱动的神经网络框架有机结合,实现了全新的Transformer的注意力机制。
Nat Cancer:王红阳/陈磊团队绘制肝细胞癌单细胞分辨率空间原位蛋白图谱,揭示肝细胞癌微环境空间异质性
利用CODEX技术,研究人员对401名HCC患者的肿瘤样本进行36种抗体染色,分辨率达0.377 μm/pixel,一共获得了4,347,731个细胞,定义了72个细胞表型以及40个细胞邻域关系。
Nature:单细胞多组学研究揭示唐氏综合征儿童易患白血病的原因
这项单细胞多组学研究为唐氏综合征胎儿造血提供了高分辨率分子图谱,并表明唐氏综合征患者细胞基因组中存在显著的调节重构,从而导致他们易患白血病等血液学疾病。
Nature:科学家揭示为何唐氏综合征患儿患白血病风险较高?
本文中,研究人员所提供的单细胞、多组学资源提供了唐氏综合征胎儿造血过程的高分辨率分子图谱,并揭示了导致共发生血液疾病的重要调控重组机制。
Neuron:于国强团队倡议脑数据科学新发展
该研究讨论并总结了脑科学中的数据科学及其前景。脑科学研究时常依赖于大规模和复杂数据集。大数据集对理解神经系统具有重要作用,处理这些数据的关键在于建立稳健的数据基础设施和合适的数据科学分析方案。
Nat Methods:瞿昆/黎斌/陈发来合作系统性评估单细胞多组学分析算法
结果显示,在蛋白质丰度预测方面,totalVI 和 scArches 表现最为优异;在染色质可及性预测中,LS_Lab 算法排名领先。