单细胞空间转录组研究进展与应用
随着精准医学治疗时代的到来，单细胞多组学技术正在推动癌症及肿瘤研究、发育生物学、微生物学研究、免疫学及神经科学领域向前发展，逐渐成为生命科学研究焦点。近些年，单细胞测序技术不断发展，单细胞组分、转录水平可通过多种技术检测到，极大地提高了研究者们从异质性样本中分析细胞类型特异性的基因调控网络的能力，但此前技术无法检测到空间信息，因为单细胞测序技术在将实体组织解离成单个细胞的过程中，不可避免地丢失了空间信息。空间异质性是器官功能的关键特征，细胞的位置信息对细胞命运调控机制和细胞谱系发生过程的研究十分重要。因此，为了更好地了解细胞，有必要同时记录其转录异质性和空间坐标。
空间转录组技术出现在人们的视野中，这项技术不仅能够获得转录组的表达信息，同时还能对基因进行定位，获得细胞组成并还原其空间信息，从而更加精确的解析组织结构，在科研以及临床应用中具有重要的意义。单细胞空间转录组技术与其他技术联合应用已取得不少研究成果，极大地推动基础科研和临床诊疗迅猛发展，目前在血管发育疾病、肝脏生理学疾病、胚胎发育、干细胞分化、绘制图谱、生殖健康、肿瘤等领域研究火热，随着更多空间转录组学分析的进行，解开确定的、与疾病相关的细胞类型及其基因模块将变得越来越具有挑战性。
基于此，生物谷携手赛陆医疗联合推出“单细胞空间转录组学研究与应用”空中讲坛，邀请相关的行业专家聚焦单细胞技术发展和空间转录组学应用，为大家分享最新研究进展。期待大家都能在本次空中讲坛中有所收获！
基于Oxford Nanopore平台的单细胞全长转录组
——应用和实践
基于Oxford Nanopore平台的单细胞全长转录组测序突破了读长限制，让研究人员能够通过便捷、高效的流程从单张芯片获得上亿条完整转录本序列，从而在转录本层面分析细胞间差异。搭配ONT开发的分析流程，仅使用ONT数据就可以实现单细胞基因表达、转录本表达等多种下游分析。
蜜蜂及其真菌病原的纳米孔全长转录组研究
高通量的RNA测序方法在生成全长转录本时常常由于逆转录的过早终止而存在困难，由于大多数传统测序方法需要进行片段化，准确组装完整的转录本仍然存在困难。纳米孔长读长测序技术，不需要进行长度选择，整个转录可以进行单读长的端到端测序，能够实现简单、准确的组装，区分高度相似的异构体、识别新转录本及不同转录本之间的差异表达。
福建农林大学蜜蜂保护课题组/蜜蜂-病原互作机制科研创新团队陈大福老师和郭睿老师与百迈客生物科技有限公司共同合作，利用纳米孔超高通量测序平台PromethION，对蜜蜂的两种主要真菌病原东方蜜蜂微孢子虫（Nosema ceranae）和蜜蜂球囊菌（Ascosphaera apis）进行纳米孔全长转录组研究，显著提高了东方蜜蜂微孢子虫的转录组质量并为完善蜜蜂球囊菌的转录组和基因组以及探究转录本的可变剪接和可变多聚腺苷酸化提供了宝贵资源。研究成果发表在预印网站《BioRxiv》。
DOI：https://doi.org/10.1101/2020.03.11.987271
7月22日，我们邀请到福建省养蜂学会副秘书长，福建农林大学校蜂疗研究所副所长，院实验室副主任，校硕士生导师团队带头人郭睿，北京百迈客高级产品经理马晶，在线上分享他们利用纳米孔长读长测序平台进行全长转录组研究的经验和成果。
会议日程
| 时间 | 主题 | 讲师 |
| 15:00-15:20 | 欢迎与纳米孔测序技术与应用介绍 | 王 海 Oxford Nanopore 战略客户经理 |
| 15:20-15:55 | 蜜蜂及其真菌病原的ONT全长转录组研究 | 郭睿 福建农林大学 |
| 15:55-16:00 | 在线答疑 | 郭睿 福建农林大学 |
| 16:00-16:25 | ONT全长转录组的产品优势及应用场景 | 马晶 北京百迈客高级产品经理 |
| 16:25-16:30 | 在线问答与结束致辞 | 马晶 北京百迈客高级产品经理 |
单分子测序开启转录组学研究新时代
以基因测序技术发展为背景，阐述以第三代测序技术为核心的全长转录组测序与二代测序技术的转录组测序的差异，以及在研究基因结构等问题上所带来的巨大优势。并以经典案例为参考，阐述全长转录组测序在样品制备、实验设计及数据分析等环节的切入点和注意事项