安捷伦基因组学系列讲座 —— 安捷伦RNA和DNA平行测序文库构建方案,一天当作两天用
利用DNA和RNA的平行靶向测序可以比对序列差异、验证基因融合,检测DNA突变的关联基因表达水平变化。利用SureSelect XT HS2 RNA建库试剂盒,结合之前推出的 XT HS2 DNA试剂盒就可以轻松实现DNA和RNA的平行建库,实现上述应用。
之前我们已经介绍过XT HS2 DNA建库方案,本期将要介绍的SureSelect XT HS2 RNA 试剂盒是安捷伦最新推出的一款链特异性,靶向富集的RNA文库构建试剂盒。该试剂盒针对低起始量的FFPE样品进行了优化,样品起始量可低至10ng;试剂盒提供384对双端样本标签,接头序列中引入了分子标签,极大降低了测序中标签跳跃问题, 在去除Duplication时更准确;该试剂盒对整体建库流程进行了优化,建库时间缩短至11个小时。SureSelect XT HS2 RNA与SureSelect XT HS2 DNA采用同一建库流程,两款试剂盒的配套使用可以实现DNA和RNA的平行建库。
安捷伦基因组学系列讲座 —— 超长片段 DNA 样本分离与质控的终极解决方案
脉冲场电泳可以分离几十 Kb 的超长片段 DNA,然而传统的脉冲场电泳动辄就要运行过夜,实验结果还受诸多外界因素影响。当样本量很大,时间是个关键因素时,该如何解决?本次讲座,我们将向您系统阐述脉冲场电泳的基本原理,您将了解到最先进的十倍于传统脉冲场电泳速度的 Femto Pulse 全自动脉冲场电泳系统,以及 Femto Pulse 系统如何解决三代测序样本质量控制的问题。
讲座概要:
1. 脉冲场电泳的基本原理
2. 安捷伦 Femto Pulse 全自动脉冲场电泳系统
3. 全自动脉冲场电泳系统用于三代测序的样本质量控制
癌症临床研究的二代测序解决方案——攻克FFPE样本、ctDNA和低频变异
利用二代测序开展癌症临床研究需要克服几大难题。FFPE样本DNA降解程度高、血液中的游离肿瘤核酸样本量少,片段化程度高、驱动变异的等位基因频率往往很低,高通量测序平台标签跳跃问题限制低频变异的准确检测等。本讲座将重点介绍如何种用安捷伦二代测序配套建库与质控工具解决在癌症临床研究中经常遇到的几大问题,同时介绍安捷伦最新推出的癌症二代测序产品线Multiplicom。