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甲基化测序 - 陈巍学基因(12)

DNA甲基化是生命过程中重要的控制手段。

本期课程介绍给大家介绍甲基化DNA、和羟甲基化DNA的高通量测序的方法

2015-02-17 课时:15分钟

邓大君:CDKN2A甲基化—从基础研究到转化应用及存在问题

p16主要以CpG岛甲基化的方式在多种肿瘤及其癌前病变组织中频繁失活。我们发现与肿瘤细胞中的p16甲基化非常稳定不同,胃炎组织中的p16甲基化不稳定,会随着Hp的清除而消失(Int J Cancer 2009);胃癌组织的p16 CpG位点已经扩展到启动子区,而胃炎组织的甲基化CpG位点局限在第一外显子区(PLoS ONE 2012);肿瘤细胞的p16完全甲基化能够以稳态的方式稳定传递给子细胞,而第一外显子局部甲基化不稳定,可通过胞嘧啶羟甲基化途径发生去甲基化,不能传递给子细胞(PLoS ONE 2014)。

巢式病例对照和前瞻队列研究发现,p16甲基化阳性的胃和口腔粘膜上皮异型增生容易癌变(Clin Cancer Res 2004和2009;欧洲发明专利#EP1602731),得到国际同行验证。

创建符合诊断用途的p16甲基化MethyLight测定新方法(BMC Med Genet 2012;国际发明专利WO2012094776),正在开发诊断试剂,开展多中心前瞻队列验证研究(NCT01695018)。

2015-04-30 课时:10分钟

DNA甲基化研究策略解析

DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰,被称为第五种碱基。李明辉博士在本视频中详细解析了DNA甲基化研究策略。视频先概述了DNA甲基化研的研究方法和研究技术,包括基因芯片技术和测序技术。然后结合案例介绍了Infinium Methylation450芯片和全基因组甲基化测序。除此之外,结合具体案例,还依次介绍了RRBS、甲基化捕获测序、ChIP-chip/Chip-seq、焦磷酸测序。对于甲基化芯片的应用,以及它与表达谱芯片的联合分析,视频也结合案例进行了详细的说明。最后视频举例说明了甲基化状态作为分子标记在癌症和疾病研究中的应用。

2015-11-17 课时:44分钟

王文恭:NSun2介导的RNA甲基化与细胞衰老

介绍了衰老研究背景:相关基因表达紊乱导致衰老,RNA甲基化是基因调控研究的新兴领域,tRNA甲基化转移酶Nsun2可能有广泛的底物。NSsun甲基化16mRNA,介绍了NSun2 介导的RNA甲基化是否影响细胞衰老及其相关生命过程。

2017-07-13 课时:41分钟

文路:肝癌异质性的单细胞三重组学分析及肝癌患者循环游离DNA甲基化组分析

介绍了单细胞三重组学测序技术,可以检测基因组拷贝数变异、DNA甲基化组和转录组.对一例肝细胞癌症分析,发现了两个细胞亚群。提到CpG岛异常超甲基化存在于几乎所有人类肿瘤。介绍了MCTA-Seq技术。

2017-08-24 课时:33分钟

文路: 循环游离DNA甲基化组测序新技术及其在肿瘤早期诊断中的应用

介绍了cpG岛异常甲基化与人类肿瘤,循环游离DNA,循环游离DNA甲基化组学检测的技术挑战性,提到传统DNA甲基化组技术无法用于ccfDNA检测,介绍了甲基化CpG短串联扩增与测序技术等。

2017-11-22 课时:32分钟

张江立:DNA甲基化液态活检与临床应用

介绍了肿瘤是一种遗传疾病,抑制基因活性的两种策略(1.DNA突变导致缺陷蛋白2.DNA异常甲基化抑制基因表达)。提到了DNA甲基化检测的临床意义等。

2017-11-23 课时:19分钟

生物信息学:如何使用纳米孔数据对基因组甲基化进行检测和定相

表观遗传学是有关化学修饰的研究,这是一个正在蓬勃发展的研究领域,研究人类表观遗传修饰(包括对 DNA、RNA 和组蛋白的修饰)对于很多领域具有重要意义。然而,传统检测表观遗传学的技术存在一些局限性。例如,短读长测序技术包含聚合酶链式反应 (PCR),在这期间会丢失表观遗传修饰。由于其不能对甲基化直接测序,因此在测序前需要对 DNA 样本进行化学处理,以此推断甲基化的存在。 纳米孔测序可在无需 PCR 的情况下,制备和测序天然 DNA 和 RNA 分子。这样就可以在检测核苷酸序列的同时直接检测完整甲基化,无需任何化学转化或额外的文库制备步骤。端到端的纳米孔工作流程具备简单的文库制备流程,结合灵活的测序选项,可满足各类实验目标,针对靶向区域或人类全基因组提供了前所未有的甲基化解决方案。 11.23日,来自Oxford Nanopore 应用团队的生物信息学家Philip将为大家介绍如何使用纳米孔数据对基因组甲基化进行检测和定相,主要内容有: 甲基化定义及其重要性 如何进行甲基化分析,需要什么样的数据,读长建议 利用纳米孔测序技术进行甲基化检测的结果与分析

2021-11-23 课时:33分钟