修饰蛋白质组学研究思路及SCI文章解析
生物体中许多至关重要的生命进程不仅由蛋白质的相关丰度控制,还会被各种时空特意分布、可逆的翻译后修饰调控,因此揭示翻译后修饰的发生规律是解析蛋白质复杂多样的生物功能的一个重要前提。 蛋白质发生翻译后修饰时其分子质量会发生相应的改变,通过质谱能够精确测定蛋白质或多肽的分子质量。同时,发生翻译后修饰的蛋白质在样本中含量低且动态范围广,所以在质谱检测前需要对发生修饰的蛋白质或肽段进行富集。 本次课程中科新生命王文婕博士就“修饰蛋白质组学的研究思路及SCI文章解析”为题展开讨论,向大家介绍修饰蛋白质组学的技术方法及研究进展,以及在SCI文章中的实验设计思路。
翻译后修饰组学分析的深度开发与应用
生命活动和疾病发生等不仅与蛋白质的表达丰度相关,与修饰也密切相关。翻译后修饰蛋白质组学有助于揭示生命活动的分子调控机制、生物标志物筛选及药物靶点鉴定等。 翻译后修饰是目前蛋白质组学领域的研究热点,与蛋白质组学相比,已有研究少,更具有新颖性! 其中质谱是鉴定蛋白质翻译后的重要方法,其原理是利用蛋白质发生修饰后的质量偏移来实现翻译后修饰位点的鉴定。 本次课程中科新生命严峻博士就“翻译后修饰组学分析的深度开发及应用”为题展开讨论,向大家介绍如何获得更多位点的验证。
程金科:SUMO修饰调控细胞线粒体代谢
介绍了去乙酰化酶在细胞代谢中相关调控活性。提到了SENP1、SUMOylation and De- SUMOylation等。
杨永华:蛋白SUMO化修饰对肿瘤发展的影响
介绍了SUMOylation cycle .提到了HDAC4 HDAC4不仅具有去乙酰化功能,还能够促进雄性激素受体(Androgen receptor, AR)发生SUMO化修饰,该修饰能够抑制AR的活性、VPS34 VPS34发生SUMO化修饰,该修饰能够促进VPS34与Beclin1的结合,同时增强VPS34的III型磷脂酰肌醇三磷酸激酶(PI3K)的活性,最终促进自噬小体的形成,对肿瘤重要蛋白的SUMO化修饰研究,有助于发现肿瘤治疗的潜在靶标,为肿瘤精准治疗提供了新思路。
农林领域快速发表文献的蹊径--蛋白质后修饰表达谱
蛋白质后修饰(Protein Post-translational Modification, PTM)是蛋白质行使功能的最高级形态,也是信号通路调控、表观遗传的核心内容。同时,作为农林领域研究的战略前沿,蛋白质后修饰的相关研究也是快速发表SCI文章的蹊径。今天我们讲座的内容主要针对最简单、最快速、经费最低的功能蛋白质修饰表达谱解析(定性研究)作为切入点,系统讲解对某一物种、某一领域进行蛋白质后修饰做开创性、奠基性修饰研究的原理、流程及SCI案例分享。
蛋白质氨基酸修饰的发现和生理意义研究
氨基酸是细胞信号和代谢的重要调控因子。氨酰tRNA合成酶(ARS)和它所对应的氨基酸通常有着类似的调控功能。我们发现每个ARS可以催化形成相应的蛋白质赖氨酸上的氨基酸修饰并且传递氨基酸的信号。在细胞里,氨基酸可以促进ARS和它的底物蛋白的相互作用,从而促使ARS将活化的氨酰-腺苷酸(氨酰-AMP)结合到底物蛋白的赖氨酸的侧链氨基上形成氨基酸修饰。氨基酸修饰可以被去乙酰化酶SIRT家族去修饰,特别是SIRT1和SIRT3。说明了去氨基酸修饰和去乙酰化修饰可能有着类似的机理。mTORC1 信号通路中的关键蛋白RagA/B 的142位赖氨酸(K142)上的可逆的亮氨酸修饰可以调控mTORC1信号通路的活性。细胞凋亡信号通路中的关键蛋白caspase9的 409/410位赖氨酸(K409/410)以及 ASK1 的688位赖氨酸(K688)上的谷氨酰胺修饰可以抑制细胞的凋亡。总的来说,我们发现了ARS的不同于蛋白质合成的新的催化活性,以及细胞内氨基酸信号的感知和传递的机制,并为氨基酸和ARS的调控功能提供了新的机理解释。 关于【第一作者讲坛】: CST十分重视为科学家的成就喝彩,为科学家的成长赋能。自2008年进入中国起,就和中国细胞生物学学会、中国细胞生物学学报等合作,先后冠名或设立终身成就奖、杰出成就奖、优秀青年研究员奖、优秀论文奖、CST卓越创新转化奖、细胞生物学科学研究优秀人才奖/科研新秀奖,第九届厦门学术会议-CST最佳墙报奖等。 近几年,随着中国科研水平的提升,很多包括80后,90后在内的青年学者已经在国际学术舞台上崭露头角。为了给青年学者提供更自由开放的展示学术成果的机会,促进科研工作者更有效的学术交流,CST在生物谷行云学院开创“第一作者讲坛”。“第一作者讲坛”将邀请已发表有影响力的同行评阅论文的国内外青年才俊,讲述自己的科研故事,促进科研思路的交流,创新技术的探讨。“第一作者讲坛”希望通过“第一作者”的亲历自述,启发更多科研工作者的创新发现。
打通表型与调控机制的代谢通路 —— 翻译后修饰组 + 代谢组联合分析
(1) “多”组学联合分析(TransOmics)逐渐成为近几年文献发表和国自然申请的新风向标 —— 新技术、新思路、新突破; (2) 从翻译后修饰角度出发进行代谢研究,叫做表型验证;从代谢角度出发进行翻译后修饰研究,叫做机制研究; (3) 如何打通“表型”和“机制”之间高效的沟通桥梁?如何从高通量组学产生的大数据中挖掘最有效的信息? (4) 本期报告将为您一一解答,并向您介绍修饰组学与代谢组学之间是如何进行相关性分析的。
中科新生命:生命表型体现者,从“代谢到脂质到修饰”组学专场报告
报告一:代谢组学入门—从检测分析到数据挖掘 代谢组学是系统生物学下游的重要组成部分,在biomarker筛选方面具有独特优势,也是病理/药理机制研究的突破口,同时也可以对转录组或蛋白组学的结果做进一步的验证和挖掘,因此在近几年研究中日益突显出其重要的价值。由于小分子代谢物在理化性质、生物变化等方面的特殊性,代谢组的检测分析方法与数据挖掘均与其他组学有较大的差异。 报告二:脂质组学--新兴崛起的研究领域,高分研究的“捷径” 国家自然科学基金委公布的“十三五”发展规划中,“糖脂代谢的稳态与功能调控机制”被列为生命科学优先发展领域。2010年,脂质组被《Cell》杂志预测为是继基因组学、蛋白质组学之后的一大新兴崛起的研究领域。从目前发表的文章来看,单个脂质组学就发表在《Nature Medicine》等顶级期刊上,是当之无愧的高分“捷径”。 报告三:修饰组学--解析代谢改变背后的调控机制 从文章发表角度,单个代谢组已经很难满足高水平杂志的要求;从研究意义的角度,我们进一步关心代谢变化背后的分子调控机制是什么。多篇CNS等顶级期刊中已经报道,乙酰化、磷酸化等修饰是代谢调节的关键机制.因此,修饰当仁不让的成为代谢机制研究的最重要方向,而“代谢组”+“修饰组”更将是打通表型与机制与的最有效手段。
PTMScan® HS:CST新一代修饰蛋白质组学解决方案
PTMScan® 技术是 Cell Signaling Technology 科学家们开发的用于检测蛋白翻译后修饰(Post-Translational Modification,PTM)的实验方法。它结合了抗体富集PTM肽与液相色谱-质谱(LC-MS/MS)检测肽的技术,解决了PTM肽在酶消化后样品中呈现低丰度而无法被检测到的难题。PTMScan® 系列实验工具是针对不同的PTM肽的免疫亲和纯化试剂盒。 本讲座会介绍最新产品,包括新一代PTMScan® HS(High Sensitivity, High Specificity, High Simplicity 高灵敏度, 高特异性,高度简化)泛素化/小类泛素化试剂盒,也会介绍对研究工具及方法的优化及其应用。 嘉宾简介: 朱奕颖 博士(CST),2014年在美国Brown大学获得博士学位,之后在哈佛牙医学院附属Forsyth研究所质谱中心从事博士后研究。2015年加入美国Cell Signaling Technology (CST) 公司总部。现任CST资深科学家,主要负责蛋白质组学类新产品的研发。 已有十几年蛋白质组学研究经验,有丰富的质谱应用类产品及质谱服务开发经验,深谙实验痛点及技术难点,熟悉各类方法的细节及其应用,并为研究者提供切实可行的解决方案。