PacBio单分子超长测序-陈巍学基因（3）
Pacific Biosciences公司的单分子测序技术，最长的读长可达3万个碱基。是目前最长的测序技术。同时可以测到DNA上的甲基化修饰，测序的速度也很快。
本课程介绍了期测序的化学原理、芯片设计，优点、不足、限制因素。
利用凝胶成像系统分析软件测定样本分子量
凝胶成像分析系统由摄像与分析两部分组成。凝胶分析软件重要功能之一即测定计算凝胶条带样本的分子量。
Dolphin-1D全自动凝胶成像分析软件是美国Wealtec公司为Dolphin系列凝胶成像分析系统开发的高端凝胶分析软件，下面我们通过这个视频来一同了解一下如何使用Dolphin-1D软件来计算样本分子量。
肿瘤特异性靶向小分子耦联纳米颗粒对乳腺癌细胞的治疗作用
靶向药物是指将特定基因作为“靶标”、在分子水平上发挥作用的药物。多国科学家正在开展癌症基因组计划，希望寻找基因变异与肿瘤的关系，以帮助人类赢得与癌症的战争。在科学家们看来，癌症基因组计划将对癌症研究和治疗产生不可估量的影响。
吕建新：基于线粒体基因组的糖尿病分子分型
大量的研究证实，线粒体基因组与2型糖尿病（T2DM）有着密切的关系。
本研究组以在浙江地区收集4586例散发T2DM患者全血、部分糖尿病家系成员全血及2643例健康对照人群全血样本，建立T2DM样本临床资源库及线粒体全基因组数据库，结合国内其他在线粒体T2DM研究的相关结果，综合筛查并鉴定与T2DM及其并发症易感性相关的SNP位点和变异位点，建立中国汉族人群T2DM及其并发症相关的变异位点及单体群，通过对在T2DM家系中存在的变异位点进行功能研究，探讨该位点与T2DM发病机理的关系等分子分型体系。
这些研究的意义在于：①确认母系遗传糖尿病患者；②筛查T2DM易感人群；③预测评估T2DM及其并发症。
张桂荣：顺应肿瘤个体化诊疗需求的分子诊断平台建设
一、国内外肿瘤相关分子诊断的现状
1、国外分子诊断开展机构：独立实验室，伴随诊断试剂生产厂家；
认证：CLIA认证、CAP认证；
2、国内较复杂：少数单位成立分子诊断科、依托于病理科、检验科、中心实验室、外科（胸科、乳腺科）、药剂科等、独立实验室、试剂公司、制药企业等。质量管理体系不健全，分子检测平台不完整。
二、分子诊断技术的发展：
1、免疫组织化学（蛋白表达）
2、荧光原位杂交（基因拷贝数、基因融合/分离）
3、荧光定量PCR（mRNA表达，基因突变，DNA载量)
4、基因/蛋白芯片（基因、蛋白表达谱）
5、测序（SNP、突变、基因结构）
一代、二代、三代及技术特点
三、NGS在肿瘤个体化治疗中的应用
NGS技术的特点：自动化、高通量、深度测序
NGS技术与肿瘤个体化治疗的结合：64 gene panel
四、临床应用新方向-预后基因检测
分子标志物能否发挥更大的作用?
具有潜在临床应用价值的肺癌预后基因；
肺癌预后基因提高预后判断的准确性。
五、完整的分子检测平台
1、软硬件建设是前提：人才培养、实验室建设、仪器设备的选择、质量控制体系SOP；
2、检测平台完整：FISH、PCR、测序等；
3、检测方法多样：基因扩增、突变、表达、融合、蛋白表达等；
4、检测样本齐全：组织、血液、尿液、胸腹水、分泌物等；
5、室内质控及室间质评。
六、完整平台建设的必要性
1、癌症本质上是一种基因病，因此，进行准确的分子分型和基因诊断在癌症诊疗中 起重要作用；
2、同一基因可能参与多种肿瘤的发生、发展；
3、同一类型肿瘤可能由多种基因参与驱动，在肿瘤的进展过程中，发挥不同的作用；
4、肿瘤组织、体液、血液中某一分子或基因的变化可能具有相同或不同意义；
5、肿瘤驱动基因的改变多样：拷贝数、RNA或蛋白表达水平、突变、基因融合或分离等。
吕有勇：肿瘤分子分型与个体化诊疗的临床科学问题
吕有勇：北京大学肿瘤医院/研究所教授、博士生导师,分子肿瘤学研究室主任。
针对我国常见肿瘤二高一低的临床问题，即发病率高、死亡率高，早诊率低的现实，特别是我国多数肿瘤患者为中晚期，采用目前常规的诊疗方法难于获得满意的疗效。为此国家启动了一系列的研究课题，为降低肿瘤发病率、提高早期诊断水平及改善临床疗效，避免治疗不当和过度治疗提供理论指导。
实现这一目标首先要认真考虑的问题是反思肿瘤临床诊疗和基础研究的策略及模式。特别是多中心临床研究队列的建立和生物样本的规范化采集。这是现代肿瘤生物学研究的核心问题，也是国际竞争能力的焦点。
以往的知识和医疗实践经验告诉我们，健康是靠遗传因素和环境因素互相作用的平衡来维持的，当这种平衡被打破时将导致疾病发生。肿瘤作为一类系统性疾病，由于其生物学行为和临床表现的复杂性，人类对肿瘤的认识和诊疗技术水平的限制，特别是存在比较普遍的片面性和盲目性，导致在肿瘤的实际防治工作中难以获得满意的效果。
因此，用系统生物学的观点及研究方法认识肿瘤发生发展的规律不仅是肿瘤生物学研究的主要内容也是未来医学发展的基础。随着基因组学、蛋白质组学和代谢组学研究工作的开展及其在肿瘤研究领域的渗透，系统肿瘤生物学将是肿瘤研究的一个转折点。
通过临床问题与科学兴趣的整合，技术与资源的集成，实验室研究课题与社会化技术服务体系的运行。我们将在客观、深入揭示肿瘤发生发展规律的基础上寻找到更有效的肿瘤防治途径和方法。
在肿瘤标志基因和蛋白鉴定的基础上，更重要的问题是建立标准的临床应用技术和规范化、规模化的技术服务体系。实际上我们在这一方面与国外的差距更大。
肿瘤基因诊断和治疗的临床应用不仅取决与系统肿瘤生物学研究的发展，而且随着许多高通量基因和蛋白分析技术的逐步成熟，大样本、高通量和多因素分析方法的应用，如何促进和推动临床肿瘤生物学的发展更为重要。这是一项集科学技术和运行管理并举的系统工程。
肿瘤的分子分型和个体化诊疗应建立在现代生物医学研究的基础上，同时应进一步推动肿瘤临床与基础一体化研究模式的发展。建立和完善专业化、规范化、具有严格监管的规模化运行的分子标志特检实验室，以促进我国肿瘤预防、早期诊断及个体化综合治疗水平的提高。
王弢：肿瘤分子诊断技术及产品研究进展
癌症是个慢性病，往往有10年甚至20年以上的发展史，早期癌症隐匿性很强，几乎没有明显症状，仅采用传统的诊断方法很难及时发现，一旦检出，大部分处于中晚期。
癌症基因组学的发展使人类对癌症有了更新、更深刻的认知，随之而来的是全新肿瘤标志物的诞生以及肿瘤分子诊断技术的新突破。有了学科发展和技术突破的保障，使我们能够从分子水平入手进行癌症的早期筛查、辅助诊断、个体化用药指导及术后复发监控。
目前已建立了血浆及组织突变检测平台、甲基化检测平台、mRNA表达量检测平台、肿瘤标志物检测平台、免疫功能检测平台、拷贝数变异检测平台等多个肿瘤分子诊断技术平台，并正在建立二代测序和串联质谱检测平台。
独创了qPCR-MCG、MethyASA-qPCR、preMiD等新型分子检测技术，目前已有多个产品获得了CFDA批准的医疗器械注册证，已有多个独家专利的肿瘤标志物产品进入了临床试验阶段，并且正在开发多个新的候选标志物，这使我们能够建立并实施从肿瘤的超早期筛查直至术后监控的全套肿瘤防治方案。
邢婉丽：分子诊断的官产学研用实践
邢婉丽：清华大学医学院研究员、博士生导师、生物芯片北京国家工程研究中心常务副主任兼博奥生物集团有限公司技术总监。全国生物芯片标准化技术委员会秘书长。
杨涛：遗传性耳聋分子诊断
杨涛：上海交通大学医学院附属新华医院研究员，博士生导师，中华医学会耳鼻咽喉头颈外科分会青年委员。主要研究方向为聋病分子生物学，在遗传性耳聋基因克隆、基因功能研究及基因型-表型关联研究等领域取得了多项具有国际影响力的研究成果。
先天性耳聋发病率高，可影响1‰-3‰的新生儿，而这中间近一半以上为由耳聋基因突变所引起的遗传性耳聋。此外儿童迟发性耳聋、药物性耳聋等后天性耳聋疾病也与遗传因素有着紧密的联系。
近年来有关耳聋基因的发现和相关功能研究极大的推动了人们在分子层面上对听觉功能途径及聋病发病机制的理解，为耳聋在基因水平上的诊断、预防和治疗提供了重要的理论参考与临床指导。
针对GJB2、SLC26A4和线粒体MT-RNR1这三个常见的非综合征性耳聋基因的分子诊断可为1/3以上遗传性耳聋患者明确分子病因。根据耳聋基因检测的结果，可进一步对这部分患者、亲属或相关人员进行遗传咨询、婚育指导或用药指导，以降低后代遗传性耳聋的发生率。
耳聋基因（一代）全序列测定做为耳聋基因分子诊断的标准方法，具有准确率高，测序范围全面等优点，此外诸如杂交法芯片检测、高分辨熔解曲线、飞行质谱法突变检测等高通量耳聋基因定点突变检测方法是适合大规模人群筛查的良好补充。新近出现的耳聋基因靶向序列捕获和二代测序平台有望应用于临床，可显著提高遗传性耳聋分子诊断的范围和突变检出率。