Cell:樊荣团队开发全球首个临床级福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样本的空间全转录组测序技术
在约2300种已知的人类成熟microRNA中,Patho-DBiT在MALT切片中检测到了1352种microRNA,其映射序列的长度峰值为21个核苷酸,与此类小RNA的已知长度完全一致。
Nature Communications: 非小细胞肺癌的单细胞和空间转录组学分析
本研究综合数据集可以识别肺肿瘤微环境中巨噬细胞(Mɸ)群体的多种分子变化,这将有助于为制定治疗非小细胞肺癌的策略铺平道路。
Dev Cell:余逸群/余洪猛/刘环海/任雯雯绘制嗅上皮衰老的单细胞转录组图谱
该研究建立了哺乳动物嗅上皮衰老的单细胞转录组图谱(图1),解析嗅上皮细胞类型特异性的衰老相关差异表达基因,发现衰老导致嗅上皮中存在激活型HBC,揭示Egr1和Cebpb是转录调控网络中的核心因子。
Nature:新研究揭示RNA控制着多样性引发逆转录因子的逆转录
RNP相互作用和主动构象Ghosh实验室发现这种RNA包裹bRT并位于桶形Avd上方,形成一种紧密的核糖核蛋白(RNP)。这种核糖核蛋白中丰富的基本相互作用精确地将RNA同源双链定位在bRT活性位点,
Nature Methods | 解码基因调控新机制:系统性发现人类转录组中的RNA结构开关
该研究展示了RNA结构开关在基因表达调控中的重要性,并强调了开发新的RNA开关鉴定方法的必要性。未来,SwitchSeeker有望被应用于更广泛的转录组研究中,揭示更多关于RNA结构和功能的奥秘。
Nat Cell Biol:单细胞新RNA测序在单次转录爆发层面上揭示了转录原理
通过改进的单细胞新RNA测序技术(NASC-seq2),研究深入揭示了转录爆发的动力学原理,发现了合成率在决定转录爆发规模中的关键作用。
Journal of Advanced Research: 转录组关联研究为香榧仁油和脂肪酸的生物合成调控提供了新的思路
研究者构建了一个高完整性的基因组表达区参考序列。并对170个不同地方品种大田葵籽粒的10个脂肪酸和油脂性状进行了转录组参考关联研究(TRAS)。
Science:利用人工智能确定人类基因组转录起始的序列基础
Puffin程序显示,根据这些序列模式的排列方式,它们可以激活或抑制基因的转录。它还能预测这些序列模式的排列如何引导 RNA 聚合酶优先转录 DNA 的单链或同时向相反方向转录两条链。
研究提出可用于癌症驱动基因识别的图机器学习模型
该模型通过构建精准的癌症基因调控图谱,有望为个性化医疗和精准药物研发开辟新途径。同时,该模型在整合多组学数据和复杂网络分析方面的优势,使其具备跨疾病和跨领域应用的潜力。
Cell重磅:章冰/高强团队等利用泛癌蛋白基因组学分析,绘制癌症治疗靶点全景图
临床蛋白质组肿瘤分析联盟(CPTAC)对1000多个前瞻性收集的、未经治疗的原发肿瘤进行了蛋白质组学和基因组学特征分析,涵盖了10种癌症类型,其中许多肿瘤还配有相应的正常组织样本。