Nature Communications:研究发表单细胞转录组数据检索新方法和参考数据库
作为细胞异质性研究的重要工具,单细胞转录组测序技术近年来蓬勃发展,并积累了大量研究数据。若能有效利用现有的单细胞数据进行检索与推断,研究者便能更好地进行新测序单细胞的注释,以及综合多数据集的研究。然而,精确的单细胞转录组数据检索和注释需要克服两个挑战:一、数据集之间的批次效应(batch effect)会显着影响细胞检索的可靠性;二、目前缺少跨物
研究获得青鳉胚胎发育过程中的转录及调控动态图谱
青鳉(Oryzias latipes)是一种重要的脊椎动物模型,已经在遗传学、发育生物学以及环境科学等领域广泛应用。目前,青鳉已有高质量的基因组序列,以及大量可用的遗传学技术手段。然而,目前的青鳉基因组注释主要是基于生物信息学预测和短读长的转录组测序数据,仍然存在很多问题。低质量的基因组注释是利用青鳉作为模式动物进行组学和系统生物学研究的重要障碍
R环结构或能与转录因子Sox2协调作用来调节细胞重编程的多能性
2020年6月14日 讯 /生物谷BIOON/ --R环(R-loops)细胞中的特殊结构,其由RNA-DNA杂交体和可被取代的单链DNA组成,通常在转录基因附近被发现,然而,R环通常也是一种动态和广泛的实体结构,其在基因组中扮演着并不明确的调节和表观遗传角色。图片来源:CC0 Public Domain近日,一项刊登在国际杂志Science Advance
研究揭示拟南芥DOF转录因子CDF4加快叶片衰老和花器脱落的新机制
6月2日,国际学术期刊EMBO Reports 在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心蔡伟明研究组题为Transcription factor CDF4 promotes leaf senescence and floral organ abscission by regulating abscisic acid and reactive
Frontiers in Pharmacology:新型小分子能够影响转录调控过程
近日,根据Insilico Medicine在《Frontiers in Pharmacology》杂志上发表的名为“Molecular Generation for Desired Transcriptome Changes With Adversarial Autoencoders”的新研究论文,首次针对特定的转录反应创建了靶向性的分子结构用于调节其活性。
研究人员利用RNA编辑策略实现对逆转录转座子的编辑干预
5月19日,Cell Discovery 在线发表了中国科学院上海巴斯德研究所研究员郝沛利用RNA编辑策略、编辑干预逆转录转座子的合作研究论文:Interfering with retrotransposition by two types of CRISPR effectors: Cas12a and Cas13a。该研究利用逆转录病毒/逆转录
“拟南芥转录因子基因BP在调控植物种子萌发中的应用”获发明专利
拟南芥又名鼠耳芥、阿拉伯芥、阿拉伯草,拉丁文名为Arabidopsis thaliala (L.) Heynh。拟南芥作为一种草本植物广泛分布于欧亚大陆和非洲西北部。在我国的内蒙、新疆、陕西、甘肃、西藏、山东、江苏、安徽、湖北、四川、云南等省区均有生长。拟南芥植株较小(一个8cm见方的培养钵可种植4-10株)、生长周期短(从发芽到开花约4-6周)
Science Advances:揭示核内肌动蛋白调控转录机制
应激性是生命的基本特征。响应外界刺激的基因表达调控在细胞水平决定了细胞增殖、分化、迁移和死亡,在器官和生物体水平决定了发育、免疫应答和神经可塑性,其调控异常可能会导致肿瘤。细胞及时响应外界刺激的一个策略是形成转录工厂,即将应答刺激的多个基因和多个RNA聚合酶拉到一起进行高效、协同的转录表达,但是这一过程如何发生和调控尚不清楚。北京大学生物医学前沿
Nature:当遭受损伤时,成体神经元退回到胚胎转录生长状态
2020年4月20日讯/生物谷BIOON/---在一项新的研究中,来自美国加州大学圣地亚哥分校等研究机构的研究人员发现当成体脑细胞遭受损伤时,它们会退回到胚胎状态。他们报道在这种新获得的未成熟状态下,这些脑细胞能够再生出新的连接,而且在适当的条件下,这些连接可能帮助恢复失去的功能。相关研究结果于2020年4月15日在线发表在Nature期刊上,论文标题为“I
PNAS:发现蝙蝠中的一种新型逆转录病毒不仅感染蝙蝠细胞,也能感染人细胞
2020年4月19日讯/生物谷BIOON/---澳大利亚在今年夏天发生了史无前例的森林大火,当地的考拉(也译为树袋熊)受到了毁灭性的打击。如今,它们正面临着来自另一种哺乳动物---蝙蝠---的威胁,这种威胁可能更严重,也更持久。在一项新的研究中,来自澳大利亚伯纳特研究所和澳大利亚联邦科学与工业研究组织(CSIRO)等研究机构的研究人员揭示蝙蝠携带着一类导致考