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Advanced Science:韩敬东团队开发转录数据空间重构新算法

该研究建立了一种单细胞/寡细胞转录组数据从头空间重构算法——De Novo Coalescent Embedding(D-CE)。该研究利用细胞-细胞转录相关网络的非线性嵌入方法,从头重构了单细胞转录

2023-06-21

科研人员发表关于单细胞和空间技术在肝脏领域应用的综述文章

该文章介绍了多种前沿单细胞组学实验技术和空间组学实验技术并总结了常见的应用场景,剖析了这些新兴技术应用于肝脏样本可能产生的问题及潜在的实验或计算生物学解决方案。

2023-07-20

Science子刊:高强/孙怡迪/周虎团队使用患者来源类器官揭示肝癌药物蛋白基因特征

此外,研究团队开发了一个交互式门户网站(http://cancerdiversity.asia/LICOB/)以实现类器官数据的分析和探索,使肝癌类器官生物样本库(LICOB)所产生的药物蛋白质组数据

2023-08-02

免费获得时空STOmics项目支持

评审委员会最终评选出具有临床转化潜力的10个计划书,同时为提出这10个项目的科学家提供免费时空组学STOmics®项目支持(包含测序和基础分析服务)。

2023-06-25

空间转录数据多模态可视化工具研究取得进展

目前已有工具可以将二维切片的基因表达模式进行可视化,或者进一步堆叠多张切片并形成组织的三维静态视图,但在三维空间中对空间转录组数据的分子特征和空间形态进行交互式探索仍然是一个难点。

2023-06-05

Nature Aging:揭示调控灵长类器官衰老的表观转录机制

该研究揭示了三种重要的灵长类器官/组织在生理性衰老过程中的动态m6A修饰变化及其与基因表达稳态的关系,并阐释了METTL3–m6A–NPNT通路维持人类骨骼肌稳态的作用和机制。

2023-04-11

Cell:开发新型邻近蛋白质技术,第一作者秦为已回国加盟清华大学

大城市内的地铁线路错综复杂,每天不同的人会从一个站点通勤到另一个站点,承担着自己的社会责任。细胞内的蛋白质在时间和空间等维度上也是高度动态的,很多蛋白会在不同的细胞器之间甚至是不同的细胞之间进行转运和

2023-07-03

单细胞多组技术揭示三维基因与基因表达的关系

在高等真核生物中,基因组在细胞核内的三维空间构象对细胞功能至关重要。例如,增强子常常通过三维空间相互作用对远端目的基因的转录活性起调控作用

2023-06-21

Nature Aging:刘光慧团队等揭示调控衰老的表观转录时钟

该研究系统揭示了三种重要的灵长类器官/组织在生理性衰老过程中的动态m6A修饰变化及其与基因表达稳态的关系,并且深入阐明了METTL3–m6A–NPNT通路维持人类骨骼肌稳态的作用和机制。

2023-04-10

《细胞·代谢》:南京医科大研究团队首次揭示肠道微生物代谢产物吲哚-3-乳酸影响结直肠癌发展的表观遗传机制

在最近的《细胞·代谢》杂志上,南京医科大学的刘星吟教授团队发表了最新研究成果[2],植物乳杆菌L168及其代谢产物吲哚-3-乳酸(ILA)可以改善肠道炎症和肠道微生态,抑制结直肠癌的发展。ILA可以使

2023-06-20