Genome Biol：人工智能算法——基因组研究的“瑞士军刀”
2019年12月1日 讯 /生物谷BIOON/ --每个分子遗传学家都希望找到一个易于使用的程序，可以比较来自不同细胞条件的数据集，识别增强子区域，然后将其分配给目标基因。 如今，柏林马克斯·普朗克分子遗传学研究所的马丁·温格隆（Martin Vingron）领导的研究小组现已开发出一个掌握所有这些内容的程序。 “ DNA非常无聊，因为它在每个细胞中几乎都一样。如果将基因组比作生命之书，
最优控制节点算法为疾病联合治疗提供新候选靶标
如何不局限于已有药物来开发新颖的联合治疗方案？对于人类常见复杂疾病，比如癌症，第一步治疗往往是手术切除实体肿瘤。然而，癌细胞很难被彻底清除。为了防止癌症复发，化疗、靶向治疗、免疫治疗及这些疗法的联合通常作为后续治疗方案。联合治疗通过对多种致病通路发挥作用，是对抗药物抗性和疾病异质性的有效策略。目前大多数联合治疗的开发侧重于确定现有药物的协同组合。然而，现有药物仅靶向蛋白质组的很小一部分
这款AI算法牛在哪里？
PARP抑制剂是一种可以阻断某些细胞酶的物质，有希望治疗由同源重组 (HR) 缺陷引起的癌症，同源重组是一种协调有害DNA断裂修复的微观机制。然而，PARP抑制剂的使用仍然有限，因为大多数临床测试无法对HR进行有效检测。近日，哈佛医学院的科学家们开发出了一个名为SigMA的AI筛查系统。该系统能够高效和准确地“读取”HR缺陷的分子特征，并进一步配合现有的筛查方法。该研究成果发表在了《自
研究发现大规模代谢物结构鉴定新算法MetDNA
近日，国际学术期刊《自然-通讯》（Nature Communications）杂志发表了由中国科学院上海有机化学研究所生物与化学交叉研究中心研究员朱正江课题组的最新研究成果“Metabolic Reaction Network-based Recursive Metabolite Annotation for Untargeted Metabolomics”。基于液相色谱-质谱联用（LC-MS）技
一种新型多基因算法可预测一个人的肥胖风险
2019年4月22日讯/生物谷BIOON/---在一项新的研究中，来自美国麻省总医院和布罗德研究所的研究人员开发出一种新的工具，它可根据基因组中200多万个位点的基因变异来评估一个人变胖的风险。相关研究结果发表在2019年4月18日的Cell期刊上，论文标题为“Polygenic Prediction of Weight and Obesity Trajectories from Birth to
《Nature Methods》：研究提出一种新型的冷冻电镜三维重构算法
近期，清华大学生命科学学院李雪明研究组，电子工程系沈渊研究组和计算机系杨广文研究组三方合作在《自然 方法》（Nature Methods）杂志在线发表题为《一种基于粒子滤波的鲁棒的冷冻电镜三维重构算法框架》（A particle-filter framework for robust cryoEM 3D reconstruction）的研究论文。该工作通过将电子工程应用中的粒子滤波算法引入到冷冻电
研究开发新的表观遗传通路统计算法
11月30日，国际学术期刊Nature Methods 发表了中国科学院上海营养与健康研究院计算生物学研究所Andrew Teschendorff组的研究论文“Identification of differentially methylated cell types in epigenome-wide association studies”，报道了一种新的有助于识别与疾病相关的表观遗传通路的“
利用机器学习算法准确地预测细胞如何修复CRISPR诱发的DNA断裂
2018年11月9日/生物谷BIOON/---当双螺旋DNA因损伤（比如X射线暴露）发生断裂时，细胞中的分子机器会开展基因“自动校正（auto-correction）”，从而将基因组重新连接在一起，但是这种修复通常是不完美的。细胞中的天然DNA修复过程能够以一种看似随机且不可预测的方式在断裂位点处添加或移除DNA片段。利用CRISPR-Cas9编辑基因能够在特定位点上让DNA发生断裂，但是这可能会
新型AI算法如何探秘药物晶体结构？
近日，来自瑞士洛桑联邦理工学院（EPFL）的科学家们建立了一个名为ShiftML的机器学习程序，用来预测分子中的原子在磁场中的移动状况。这项研究发表在了《Nature Communications》上，表明AI可以帮助化学家们用比传统建模方法更快的方式，来破解晶体的分子结构。如今的许多药物都是以粉末状固体的形式生产出来的。但是，要想充分了解药物中的活性成分进入体
《人工智能深度学习算法评估规范》团体标准发布
7月1日，中国首个人工智能深度学习算法标准《人工智能深度学习算法评估规范》(Artificial intelligence—Assessment specification for deep learning algorithms)在“中国人工智能开源软件发展联盟”成立大会上正式发布。该标准由中国电子技术标准化研究院作为召集单位，中国科学院软件研究所作为技术牵头单位，联合上