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香港大学Kelvin Kai-Wang To 博士团队:纳米孔基因组测序分析发现全球首例COVID-19康复患者二次感染

 8月,香港大学Kelvin Kai-Wang To 博士团队利用纳米孔手持便携式测序仪MinION进行全基因组测序,结合ARTIC和Medaka工作流程分析,发现全球首例COVID-19康复者二次感染病例,基因组学分析显示两次感染病毒不同。对两次感染的病毒基因组学进行分析发现首次感染的病毒基因组属于GISAID V分支、Nextstain19A分

2020-11-17

美国利用纳米孔测序技术,实现对非洲猪瘟病毒基因组的实时检测

 非洲猪瘟病毒(ASFV)是非洲猪瘟病毒科家族的唯一成员,是一种大型(200nM)复杂的囊膜双链DNA病毒。ASFV可感染家猪和野猪,扩散快,致死率高(可达100%),对猪业造成严重的经济后果。近期,美国农业部下属的研究机构在Journal of Clinical Microbiology杂志上发表了针对非洲猪瘟病毒的首个结合样品富集、纳米孔Min

2020-11-13

cuteSV——基因组结构变异检测工具

 基因组结构变异(Structural Variation,SV)包括缺失、插入、倒位、重复和易位等类型的基因组变异,与人类的疾病、进化、基因调控和相关表型等密切相关[1]。近年来,Oxford Nanopore Technologies等平台开发的长读长测序技术为准确检测基因组SV提供了可能。随着识别分辨率的不断提升,相比于短读长测序,长读长测序

2020-11-15

Nat Med:科学家成功利用宏基因组测序技术快速识别人类体液中的病原体

2020年11月16日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,一项刊登在国际杂志Nature Medicine上的研究报告中,来自加利福尼亚大学等机构的科学家们通过研究发现,利用宏基因组测序技术(metagenomic sequencing)或能快速检测人类体液样本中的病原体,文章中,研究人员描述了他们如何对多种人群开展宏基因组测序检测,其中大部分人群都是因病

2020-11-16

纳米孔长读长测序完成蜂鸟高度连续基因组组装并提高异构体识别

 蜂鸟是一个“非常有趣的研究系统”,它具有惊人的糖氧化和脂肪分解能力,在进食状态下,它们能够利用外源糖,为能量消耗巨大的飞行提供燃料,然而当不再进食时,它们完全依靠内源性脂肪储备来为悬停飞行提供燃料,这些糖可以在30分钟内代谢。相比之下,人类需要大约2小时才能利用这些外源糖。超过52%的美国人受到包括糖尿病在内的代谢疾病的影响,蜂鸟可以保持持续的高

2020-11-19

利用纳米孔测序研究人体组织样本等位基因效应对转录结构的影响

 不同的组织和个体之间的基因表达和调控的差异很大,大部分的常见复杂性状相关的基因组通过假定表达和剪接机制来发挥作用,如10%的致病突变都具有已知的剪接效应,RNA测序则能够很好的分析等位基因特异性并解读遗传变异。迄今为止的大多数RNA测序研究都使用短读长RNA测序技术;由于短读长容易出现多重定位的情况,因此很难确定异构体的来源,同时会给定量带来干扰

2020-11-19

首次利用CRISPR/Cas9基因组编辑系统在体内破坏癌细胞

2020年11月21日讯/生物谷BIOON/---在一项新的研究中,来自以色列特拉维夫大学等研究机构的研究人员证实CRISPR/Cas9系统在治疗转移性癌症方面非常有效,这是在寻找癌症治愈方法的道路上迈出的重要一步。他们开发出一种基于脂质纳米颗粒的新型递送系统,该递送系统专门针对癌细胞,并通过基因操纵破坏它们。这种称为CRISPR-LNP的递送系统携带一种编

2020-11-21

万种鸟类基因组计划第二阶段研究结果发表

 11月12日,中国科学院昆明动物研究所研究员张国捷及其团队,联合深圳华大生命科学研究院、丹麦哥本哈根大学等多家单位,在Nature上以封面形式同期发表了两篇文章,报道了万种鸟类基因组计划第二阶段(科级别)的研究结果。该研究团队发表了363种鸟类基因组数据,同时通过这一数据建立了无参考序列下多基因组比对和分析的新方法,并基于这一新方法阐明高密度物种

2020-11-17

研究人员构建出小麦属基因组遗传变异图谱

 小麦是人类历史上最成功的作物之一,它起源于新月沃地一个狭小的核心区域,一万年间,从地区性的野生植物迅速转变成为全球种植面积最广的作物之一,在多种多样的环境下为人类提供大量的碳水化合物和蛋白质。然而,小麦对自然环境和人类粮食需求两方面同时适应的遗传机制尚不清楚,理解小麦适应性进化对气候变化条件下小麦遗传育种研究和稳定生产具有重要价值。10月26日,

2020-11-01