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香港大学Kelvin Kai-Wang To 博士团队:纳米孔基因组测序分析发现全球首例COVID-19康复患者二次感染

 8月,香港大学Kelvin Kai-Wang To 博士团队利用纳米孔手持便携式测序仪MinION进行全基因组测序,结合ARTIC和Medaka工作流程分析,发现全球首例COVID-19康复者二次感染病例,基因组学分析显示两次感染病毒不同。对两次感染的病毒基因组学进行分析发现首次感染的病毒基因组属于GISAID V分支、Nextstain19A分

2020-11-17

干细胞基因组稳定性调控机制研究取得进展

 干细胞是机体发育和组织稳态维持的基础,基因组稳定是干细胞干性维持和再生医学应用的前提。研究干细胞如何维持基因组稳定,有助于推动干细胞的安全应用和理解相关发育疾病的致病机理。中国科学院昆明动物研究所研究员郑萍团队长期关注干细胞维持基因组稳定性的独特机制。前期工作中,该研究团队鉴定胚胎干细胞基因组稳定性调控的关键多功能因子Filia,揭示其不同的作用

2020-11-04

纳米孔全长cDNA测序和直接DNA甲基化分析解决大麻基因组拷贝数的争论

 大麻(Cannabis sativa)通常分为大麻(Marijuana)和工业大麻(Hemp),通常依据植物产生THC(四氢大麻酚)的含量来区分:大麻的THC含量通常较高(> 10%),工业大麻通常较低(<0.3%),但他们都可以产生高水平的CBD(大麻二酚),工业大麻可用作纤维和燃料且市场增长很快。2015年,索尔克生物研究所(Sa

2020-11-19

纳米孔PromethION测序+Shasta完成人类基因组端粒到着丝粒的高效从头组装

 Shasta是一个用于纳米孔测序数据的从头组装和矫正算法,由加州大学圣克鲁兹分校(UCSC)和陈-扎克伯格倡议计划(CZI)联合开发。团队在2019年利用初代Shasta分析流程对纳米孔测序数据进行从头组装、矫正和Hi-C拼接Scaffold(图1),使用一台纳米孔PromethION测序设备在9天内完成了11个人类基因组测序,研究成果发表在《N

2020-11-19

全球微生物模式基因组测序计划取得重要进展

10月29日,《核酸研究》(Nucleic AcidsResearch)在线发表了国家微生物科学数据中心(中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心)团队关于全球模式微生物基因组数据库gcType的文章。gcType是由我国牵头的全球模式微生物基因组测序计划的重要成果。模式菌株(type strains)是在给微生物定名、分类记载和发表

2020-11-09

安捷伦基因组学系列讲座 —— 安捷伦RNA和DNA平行测序文库构建方案,一天当作两天用

利用DNA和RNA的平行靶向测序可以比对序列差异、验证基因融合,检测DNA突变的关联基因表达水平变化。利用SureSelect XT HS2 RNA建库试剂盒,结合之前推出的 XT HS2 DNA试剂盒就可以轻松实现DNA和RNA的平行建库,实现上述应用。

2020-11-23

美国利用纳米孔测序技术,实现对非洲猪瘟病毒基因组的实时检测

 非洲猪瘟病毒(ASFV)是非洲猪瘟病毒科家族的唯一成员,是一种大型(200nM)复杂的囊膜双链DNA病毒。ASFV可感染家猪和野猪,扩散快,致死率高(可达100%),对猪业造成严重的经济后果。近期,美国农业部下属的研究机构在Journal of Clinical Microbiology杂志上发表了针对非洲猪瘟病毒的首个结合样品富集、纳米孔Min

2020-11-13

非洲病原体基因组计划正式启动,获Illumina、Oxford Nanopore等多家机构投资

 近日,非洲疾病控制与预防中心及非洲联盟委员会联合启动了一项病原体基因组计划(Pathogen Genomics Initiative , PGI),旨在通过配备工具、培训和数据基础设施的跨大陆综合实验室网络,充分利用关键的基因组测序技术,增强病原体疾病监测和公共卫生合作。目前,这项为期四年的测序项目已获得高达1亿美元的资金支持,资金来源包括比尔和

2020-11-13

Nature:继2003年和2011年后 美国国家人类基因组研究所再发布人类基因组研究领域美好新愿景!

2020年11月3日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,一项刊登在国际杂志Nature上的研究报告中,来自美国国家人类基因组研究所(NHGRI)等机构的科学家们发表了他们在基因组前言研究领域改善人类健康的战略愿景,这一愿景描述了未来十年人类基因组学研究中最引人注目的研究重点和研究机遇,这标志着这一研究领域或有望进入一个新的研究时代。研究者Eric Gree

2020-11-03