百岁兰基因组揭示其在沙漠极端干旱环境下的长寿机制
植物基因组通常较大、高度重复且呈现多种倍性,因而使用短读长测序技术时难以对其进行测序和组装。对长和超长 DNA 片段进行测序时,读长可长达 4 Mb,纳米孔技术能够强化植物基因组组装,从而解析复杂的重复区域、结构变异、转座子和转基因插入。通过对天然 DNA 进行直接、无扩增测序,保留并同步检测修饰碱基及核苷酸序列。
深圳中国科学院仙湖植物园植物研究中心万涛博士与贝纳基因共同合作,利用纳米孔超高通量测序平台PromethION,结合其他测序平台,对裸子植物百岁兰进行染色体水平的基因组组装、甲基化和转录组分析,以探索其生物学特性。研究成果发表在《Nature Communication》。
DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-021-24528-4
9月16日,我们邀请到深圳中国科学院仙湖植物园植物研究中心万涛博士,在线上分享他们利用纳米孔长读长测序平台进行百岁兰基因组研究的经验和成果。
会议日程
时间 | 主题 | 讲师 |
15:00-15:15 | 欢迎与纳米孔测序技术介绍 | 王小薇 Oxford Nanopore 大客户经理 |
15:15-15:55 | 百岁兰基因组揭示其在沙漠极端干旱环境下的长寿机制 | 万涛老师 深圳中国科学院仙湖植物园植物研究中心 |
15:55-16:00 | 在线答疑 | all |
第三期预告:
9.23日 使用Nanopore技术从头组装药用植物地黄基因组 武汉贝纳科技有限公司项目总监 ——牛妍博士
更多信息请持续关注“生物谷”公众号
黄连基因组揭示了小檗碱多样性
中国有1000多种药用植物,因与国人健康息息相关。千种药用植物基因组研究计划旨在3-5年内收集整理并测序完成1000种重要的药用植物基因组,并构建一个全球最大的药用植物基因组数据库,旨在推动药用植物基因组学、次生代谢产物合成生物学及相关分子育种的研究。
千种药用植物基因组数据库访问网址:www.herbgenome.com,目前已收录100+种药用植物基因组数据。
9月9日——9月23日,Oxford Nanopore联手贝纳基因共同推出“药用植物基因组研究最新进展”系列研讨会专场直播活动。邀请到行业内3位教授及专家,将围绕本草基因组的进展和研究方法、本草基因组完成后研究工作的探讨、基于基因组学的多组学研究等多个方向展开。
本场我们邀请的是湖北中医药大学研究员,博士生导师刘义飞老师,为我们带来“黄连基因组揭示了小檗碱多样性”,欢迎大家报名参与讨论。
会议日程
时间 | 主题 | 讲师 |
15:00-15:15 | 欢迎与纳米孔测序技术介绍 | 王小薇 Oxford Nanopore 大客户经理 |
15:15-15:55 | 黄连基因组揭示了小檗碱多样性 | 刘义飞 研究员/博导 湖北中医药大学 |
15:55-16:00 | 在线答疑 | all |
第二/三期预告:
9.16日 百岁兰基因组揭示其在沙漠极端干旱环境下的长寿机制 中国科学院武汉植物园客座教授、武汉大学,湖北民族大学校外硕士生导师——万涛教授
9.23日 使用Nanopore技术从头组装药用植物地黄基因组 武汉贝纳科技有限公司项目总监 ——牛妍博士
更多信息请持续关注“生物谷”公众号
纳米孔测序揭示的新冠基因组突变及其临床意义
四川大学华西医院实验医学科报导了一种具有重要临床意义的新冠病毒Nsp1(Δ500-532)突变株,并从分子病毒、分子流行病和临床表现角度阐述了该突变株的特征。研究成果发表在《Cell Host & Microbe》(IF 15.7)。我们邀请到本文通讯作者:四川大学华西医院生物治疗国家重点实验室和实验医学科耿佳研究员为大家详细介绍研究团队利用纳米孔三代测序技术对来自于248位新冠感染者的310个临床样本进行病毒全基因组测序,结合临床数据对检测到的突变株进行分子流行病学分析和表征。
会议日程
时间 | 主题 | 讲师 |
15:00-15:20 | 欢迎致辞与纳米孔测序技术平台及产品介绍 | 王海 Oxford Nanopore中国区战略客户经理 |
15:20-16:00 | 纳米孔测序揭示的新冠基因组突变及其临床意义 | 耿佳 研究员 四川大学华西医院生物治疗国家重点实验室和实验医学科 |
16:00-16:10 | 在线答疑,互动环节 | 耿佳 研究员/王海 Oxford Nanopore中国区战略客户经理 |